| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| MC JC | CP016816 | 20,041 | Δ175 bp | intergenic (‑762/‑201) | JCVSYN2_00065 ← / → JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
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| * | * | ÷ | CP016816 | 20041 | 20215 | 175 | 2335 [0] | [5] 2340 | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 20040 | 0 (0.000) | 2122 (1.090) | 223/232 | 0.5 | 100.0% | intergenic (‑761/‑376) | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| ? | CP016816 | 20216 = | 1 (0.000) | intergenic (‑937/‑200) | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) | |||||
Only 100 of 2340 total aligned reads displayed.
AGAAAACAGTGAAGCACCAGTTTCTGAACCAAAAGAAGACGAAAAAACAAAAAAAGATTAAGCAATTTATTTGGAAAATCTTTTTTTGTTTTTTTAAGAAATATTTATTGTTTTTTTTAAAAAATTATTGTACAGTTGCTACTATAAGGGAAAGAAAAAAAGAAAGATATAAATTGTATAAAGTAGGGTTAGAAGCAATTAATAATTATTATTAATGTTATTTTTCTCTTATATATTCAATGTAATTTTAATTA > CP016816/20090‑20343 | ataaaaggtagtatttgttggcgatccccctagagtcttttacatcttcggaaaacaaatactattttttctttaatttcttttgttactttctatttttaatttatatatttatattaaaaaattat > 2:4256464‑M2/127‑128 (MQ=255)ataaaaggtagtatttgttggcgatccccctagagtcttttacatcttcggaaaacaaaaactattttttctttaatttctttttttactttctatttttaatttatatatttatattaaaaaattat < 2:1701912‑M2/2‑1 (MQ=255)ataaaaggtagtattagttggcgatccccctagagtcttttacatcttcggaaaacaaaaactattttttctttaatttctttttttactttctatttttaatttatatatttatattaaaaaattat < 1:3192860‑M2/2‑1 (MQ=255) taaaaggtagtatttgttggcgatccccctagagtcttttacatcttcggaaaacaaaaactattttttctttaatttctttttttactttctatttttaatttatatatttatattaaaaaattatt > 2:1313551‑M2/126‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |