| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 496355 = | 4154 (1.140) | 212 (0.060) | 84/232 | 57.0 | 5.4% | intergenic (‑55/+29) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component |
| ? | CP016816 | 496379 = | 3670 (1.090) | intergenic (‑79/+5) | JCVSYN2_02275/JCVSYN2_02280 | HPr(Ser) kinase/phosphatase/ECF transporter S component | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 932 total aligned reads displayed.
TCACTATTAACTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATAGACAATGAATATTAAGAAATGATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTAGCAAGCACTTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/496491‑496355‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agcactttttATCAATTAGAATATTACAGCATCATTTCTTAATATTCATTGTCTATTTTTTGTATTTAAATCTTTTTTAATTAAAATATAGATCACTCTTATTGAAGCATAAGTTAATAGTGAATATAAAACTAATTC > CP016816/496379‑496506 TCACTATTAACTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATAGACAATGAATATTAAGAAATGATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTAGCAA > 2:3679692/1‑128TCAATATTATCTTATGCTTCAATAAGAGTGATCTATATTTTAATTAAAAAAGATTTAAATACAAAAAATACACAATGAATATTAAGAAATGATGCTGTAATATTCTAATTGATAAAAAGTGCTAGCAA < 2:7823758/128‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |