| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437881 = | 704 (0.190) | 1215 (0.410) | 186/204 | 6.5 | 72.0% | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437884 | 375 (0.130) | intergenic (‑188/+234) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1869 total aligned reads displayed.
TAAAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438031‑437881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatatatatATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAATAAG < CP016816/437884‑437758 TAAAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAAATTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑‑‑ATATA > 1:4040496/1‑128 AAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCTCTTG‑‑C‑‑‑‑ATATATA > 2:3955018/1‑128 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1:7530126/128‑1 TATATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATATGTAATATGGAGGTTTTTTCTTTTATTAATTAAATAAAATATTTATTTTAAAAATAAAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAA > 1:3876586/1‑128 ATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTT < 1:110097/128‑1 ATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTT < 1:2011368/128‑1 ATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTAC < 2:1240643/128‑1 ATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACT > 1:5983903/1‑128 TATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTA < 1:998066/128‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |