| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437887 = | 1233 (0.580) | 288 (0.160) | 71/208 | 25.2 | 23.3% | intergenic (‑191/+231) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437880 | 881 (0.500) | intergenic (‑184/+238) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1501 total aligned reads displayed.
TATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATA‑‑GTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAATATTTTA > CP016816/437760‑438014 | aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAATCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatat > 1:1304895/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatat > 2:75318/1‑128 (MQ=255) tttttGTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatata > 2:2386007/1‑128 (MQ=255) tttttGTAGATGTAAGTTTTA‑TTTTTTATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTTGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atttatata < 1:2698430/128‑1 (MQ=255) caactacaaaaatAAGTTTCATTTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatat > 2:3259270/13‑128 (MQ=255) caactacaaaaatAAGTTTCATTTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACATCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatat > 2:1139625/13‑128 (MQ=255) aactacaaaaatAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatat > 1:656317/12‑128 (MQ=255) ctacaaaaatAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatat > 2:2986763/10‑128 (MQ=255) tGTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatata < 2:1411539/128‑1 (MQ=255) gTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAATCAAAGCAAAAACAACCATATTACCTATAGAATTAATG‑‑atatatatatataa > 2:408055/1‑127 (MQ=255) aGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGATAATG‑‑atatatatatatatat < 2:220703/128‑1 (MQ=255) ttttaatataaa‑TTTTTTATAAATATTATATATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAATCAACCAAAGAAAAAAACTCCATATAAACTATAGAGATAATG‑‑atatatatatatatatat < 1:3061436/117‑1 (MQ=255) ttGTTAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAATGAATCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatat < 1:2170840/128‑1 (MQ=255) ttGTAATTTTCA‑TTTTTAATAAATATTATATATAAAAATATTATTTTTAAAATAAATATTTTTGGAAATGAATCAAATCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatat < 1:1896481/128‑1 (MQ=255) ttGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTAACTAGAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatat > 1:2113212/1‑128 (MQ=255) atGTTAGTTTAA‑TTTTTATTAAATATTATAAATAAAAATTGTTTTTTTAATATAAATATTTTAGGAATTGAAGCAAAGCAAAAACCTCTATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatat < 1:3248907/127‑1 (MQ=255) ttattattttttttttATAAAAATTAGATATAAAAAATTTATATTTAAAATATATATATTATTAAATTAATAAAACATAAAAACTCAATATAAACTATATAGATAATG‑‑atatatatatatatatatat < 1:968020/118‑1 (MQ=255) tAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatata > 2:1723210/1‑128 (MQ=255) tAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatata < 2:1576901/128‑1 (MQ=255) aGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAATCAAAGCAAAAACCTAAATATTACCTATAGATTTAATG‑‑atatatatatatatatataaata > 2:4424950/1‑128 (MQ=255) aGTTTAA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatgcaag < 1:3198638/128‑6 (MQ=255) ttttAA‑TTTTTAAAAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGACGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGATAATG‑‑atatatatatatatatatatatat < 1:4024628/127‑1 (MQ=255) gTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatatatat > 2:1786522/1‑128 (MQ=255) tttAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatatatataatatcgc > 1:1081440/1‑121 (MQ=255) ttAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCACAGCAAAAACCTCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatatatatatgcaagcg < 1:4102086/128‑8 (MQ=255) aataaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatatatatgcaagcgatca > 2:4170611/1‑117 (MQ=255) aataaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatatatatatgaaagagat > 2:1698033/1‑119 (MQ=255) ataaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatatatatatatgcaagctatcag > 1:3331311/1‑116 (MQ=255) aaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑atatatatatatatat < 2:2454065/106‑1 (MQ=255) aaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCa < 2:1227788/128‑1 (MQ=255) aataTTATAAATAAAAATTTTATTTTTATAATATATATATTATGAAATTAATCAAATAAAAAAACTAAATATTAAATATATAGTT‑‑‑‑‑‑‑TAT‑TATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATaa < 1:2644647/128‑1 (MQ=255) tattatATATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATATTATTTAATAAAAAAAATAAAAAAACACTATATAAAATATAGAGTTAATT‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGc < 2:2894958/128‑1 (MQ=255) ttATAAATAAATAATTTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATTAAGAAAAGCTAAAAACTCAATATTATCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATaa < 1:2442167/128‑1 (MQ=255) aGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑GAAATCTATCATCATaa > 1:2894958/1‑128 (MQ=255) 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tGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATAAGCATAAAATGTTGATATTTAGATc > 1:773302/1‑128 (MQ=255) tATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAATCAAAGCAAAAACCTCTATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGa < 1:2250130/128‑1 (MQ=255) tttttAAAATAAATATTTTAGGAAATGACGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTTATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑GAAAGAGAGCAGCATAATATGGTGATATTTata > 1:4172477/1‑126 (MQ=255) tttttAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTg < 2:3479348/128‑1 (MQ=255) ttAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGa > 1:4263976/1‑128 (MQ=255) ttaaataaatATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCAATAATACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATA‑A‑ATATATATATAT‑‑GACAGCGATCATCATAAAATCGTGATATATAGATCTGAg > 2:4243682/3‑128 (MQ=255) 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TATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCA‑TTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATAT‑‑GCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATA‑‑GTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAATATTTTA > CP016816/437760‑438014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |