| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437885 = | 1089 (0.520) | 300 (0.180) | 121/204 | 17.3 | 26.8% | intergenic (‑189/+233) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437880 | 757 (0.440) | intergenic (‑184/+238) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 1321 total aligned reads displayed.
ATGAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA > CP016816/437752‑438007 | gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAATCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 1:2050433/1‑128 (MQ=255) gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 1:3035356/1‑128 (MQ=255) gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 2:617404/1‑128 (MQ=255) gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 1:1584755/1‑128 (MQ=255) gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGAAAAAACCTCCATATTACATATCGAGTTAATG‑‑‑‑a > 1:1513663/1‑128 (MQ=255) aaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTATTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ata > 1:4247014/1‑128 (MQ=255) tATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATt‑‑‑‑atatata > 2:1521547/1‑128 (MQ=255) tATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatata > 1:1623060/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTTTAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatat > 1:3762094/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatat > 1:3579920/1‑128 (MQ=255) ttttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatat > 1:1939102/1‑128 (MQ=255) ttttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACATATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatat > 2:3476509/1‑128 (MQ=255) ttttGTAGTTGAAAGATTCATTTTTAATAAATATTAGAATTAAAAATTGAATTTTTAAAATATATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATAATACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatat < 2:4050748/128‑1 (MQ=255) ttGTAGTTGTAAGTTTCAATTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAAAAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatat < 2:1243335/128‑1 (MQ=255) gTATTTGTTATTTTAATTTTTAATAAATATTATAAATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAATAAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatat < 1:2829655/128‑1 (MQ=255) aGTTGTAAGTATCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATAACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatat < 2:1175728/128‑1 (MQ=255) gTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatat > 2:1418465/1‑128 (MQ=255) gTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGAAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatat < 1:2638201/128‑1 (MQ=255) tAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatata > 2:1853532/1‑128 (MQ=255) aaGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatatat > 1:343330/1‑128 (MQ=255) aaGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatatat > 1:334338/1‑128 (MQ=255) aaGTTTAATTTTTAATATATATTAGAAATAAAAATTGTATTTATAAAATAAATATTTTATTAAATGAATAAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatatat < 2:2245252/128‑1 (MQ=255) 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ttAATAAATATTAGAAATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatatatatatgcaagcg < 1:2729163/128‑8 (MQ=255) ttAATAAAAATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatatatatatgcaagcg > 2:927483/1‑121 (MQ=255) attatatatTAGAATTAATAATTTTATTTTTATAATAAATATTTTATGATATGAAGCAAAGAAAAAACATCAATATTATATATATATTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCg < 1:2572706/123‑1 (MQ=255) aatatataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGATATTATTCAAATCAAAAACATCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGAt < 2:3690672/128‑1 (MQ=255) aataaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAATGAATCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCg < 2:3276091/128‑1 (MQ=255) aataaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatatatatatatcaaagagat > 2:2092766/1‑119 (MQ=255) aaataTTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGTAAATGAAGAAAAGAAAAAAACTCAATATTACCTATAGAGTTTATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAg < 1:1002023/128‑1 (MQ=255) atatTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCa > 1:4039816/1‑128 (MQ=255) tatTAGAAATAAAAATTGTTTTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑AGATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATaa < 1:1309446/128‑1 (MQ=255) atTAGAAATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGAAAATCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATaaa < 1:573061/128‑1 (MQ=255) ttAGAAATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAACCAAAGAAAAAACATCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATaa < 1:4119161/128‑1 (MQ=255) ttAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGAAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATaa < 1:49130/128‑1 (MQ=255) tataaaTAAAAATTTTATATTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCATATAAAAAACCACCATATTATCTATAGAGTTAATT‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATa < 1:950486/125‑1 (MQ=255) tAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAATCTATAAGAATa > 1:1999971/1‑128 (MQ=255) tAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATCAACGCGATCAGCATa > 1:3098790/1‑128 (MQ=255) gAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATAGTg > 2:2824088/1‑128 (MQ=255) aaaaaTT‑TATTATTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAAt < 2:4469043/128‑1 (MQ=255) gTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGAAAGCGATCAGAATAAAATTGTGAAATTTAg > 1:2162243/1‑128 (MQ=255) tATTTTTAAAAAAAATATTTTATGAAATGAAGAAAATCAAAAACCTCCATATTACATATAGAGTTTAT‑‑‑‑‑‑TATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGa < 2:3069605/128‑1 (MQ=255) tttttAAAATAAATATTTTAGTCAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTAACTATAGAGATAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGa < 2:3573477/128‑1 (MQ=255) ttttAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGAAAGCGATAATCATAAAAT‑GTTAAAATTAGATCtaaa > 2:3950709/1‑125 (MQ=255) ttAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGa > 2:8579/1‑128 (MQ=255) tAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATGAT‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGAAAGAGATCAGCATAAAATTGTGAAATTTATATc > 2:2028395/1‑128 (MQ=255) tAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAg > 2:4553265/1‑128 (MQ=255) tAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATGCACGCGATCAGCATAAAATGTTGAAATTTAGATCTGAGTGGGTc > 2:2397738/1‑128 (MQ=255) aaaaTAAATATTTTATGAAATGAAGAAAATAAAAAACATAAAAATTAACTATAGAGTTAAT‑‑‑‑‑‑TATATATATATATATATATATATATATGAAAGCTATCAGCATAAAATGGTTAAATTTAGATCTGAGt < 2:2502923/128‑1 (MQ=255) aaaaTAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAATTTTAGCTCTGAGt > 1:3507285/1‑128 (MQ=255) aaataaatATTTTAGGAAATGAAGCAAATCAAAAACCTCTATATTAACTATAGAGTTTATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGtt < 1:3256005/128‑1 (MQ=255) aataaataTTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatatatat > 1:2506690/1‑78 (MQ=255) ataaataTTTTATTAAATGAAGAAAAGCAAAAACCTCCATATTAGCTATAGAGATAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTgg < 2:1772220/128‑1 (MQ=255) 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ccTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTtata > 1:1777140/1‑128 (MQ=255) ccTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATATAATGCTGAAATTTAGATCTGAGTTTGTCTTAAAATTGTAGTATTTATTTATAGTTTATaaatt > 2:2548962/1‑126 (MQ=255) cagaatatTATCTATAGAGTTTCTG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTtat < 2:2631032/124‑1 (MQ=255) cTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGAATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATATATAGTTTATaa > 1:696372/1‑128 (MQ=255) ccATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTATATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTGTTTATTTATATTTTATATAGtt > 1:4354251/1‑128 (MQ=255) cATATTACCTATAGAGTTAATGATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAAGATAAATTGGTGAAATTTATATCTGAGTTTTTCTTATATTTTTAGTTTTTATATATATTTta > 1:2961536/1‑128 (MQ=255) cATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGCTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTAGTTATAGTTTATAAAGt > 2:2941332/1‑128 (MQ=255) atatTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATAT‑‑‑T‑CAAGCGATCATCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTTTTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATATTTTATAAATTtaa > 2:4398269/1‑128 (MQ=255) atatTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGtt < 2:3116499/128‑1 (MQ=255) tatTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGAAAGAGATCATAATAAAATGGAGAAATTTAGATCTGAGTGTTTATGAAATATATAGTTTATATTTATAGATTATAAATTtaat > 2:1672863/1‑128 (MQ=255) ttACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTtaat < 2:3183366/128‑1 (MQ=255) ttACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGATATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATATATTtaatta > 2:532439/1‑126 (MQ=255) atcTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTtaataa < 2:689959/126‑1 (MQ=255) tataGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTTGTCTTATATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAAttt > 2:4309794/1‑128 (MQ=255) tatagatatag‑‑‑‑ATATCTATATATATATATATATATATTTGCAAGCGATCAGCATATAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAAttt < 1:2295359/118‑1 (MQ=255) taGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATAT‑T‑CAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTATATAAAGTTAATAATTTat > 2:3868464/1‑127 (MQ=255) agagTTAATG‑‑‑‑ATATATATAT‑T‑TATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGa < 2:3000996/128‑1 (MQ=255) aTG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATATTTTATAAATTTAATAATTTAGAttttt > 1:3923040/1‑128 (MQ=255) | ATGAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA > CP016816/437752‑438007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |