| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437885 = | 1089 (0.520) | 300 (0.180) | 121/204 | 17.3 | 26.8% | intergenic (‑189/+233) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437880 | 757 (0.440) | intergenic (‑184/+238) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 892 total aligned reads displayed.
ATGTTAAAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATAT‑‑ATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438035‑437885‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatat‑‑atatat‑‑atatatatCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAATAAGTTTC < CP016816/437880‑437754 ATGTTAAAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑A > 1:3163917/1‑128 TGTTAAAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCCGATCTAACATTCACCATTTGATGCTAATCGCTTG‑‑C‑‑Ag > 1:3096938/1‑127 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ATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATA > 1:658083/1‑128 TAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATA > 2:3355124/1‑128 aatataTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACAATAAATAAAAACTAAAAATTTAACACAAACTCAGATATAAATATCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATAT < 2:1816051/122‑1 AAGATTTAAAATAATAAAAATATAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTTAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATAT < 1:4370655/128‑1 AGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTAAAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATAT‑‑A > 2:2600958/1‑128 GTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATAT‑‑AT < 1:3401773/128‑1 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TCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAATAAGTTTC < 1:1584755/128‑1 TCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAATAAGTTTC < 2:2543567/128‑1 ATGTTAAAAAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTG‑‑C‑‑ATATATATAT‑‑ATATAT‑‑ATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438035‑437885‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatat‑‑atatat‑‑atatatatCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAATAAGTTTC < CP016816/437880‑437754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |