New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? CP016816 370479 =4551 (1.020)145 (0.040) 93/212 18.3 3.7% coding (109/309 nt) JCVSYN2_01610 hypothetical protein
?CP016816 = 370475 3784 (1.010)coding (105/309 nt) JCVSYN2_01610 hypothetical protein
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 4699 total aligned reads displayed.

TAATCGCTTTCTAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAATAAA  >  CP016816/370346‑370606
                                                                                                                                        |                                                                                                                               
       tttCTAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataa                                                                                                                                >  2:1774122/1‑128 (MQ=255)
       tttCTAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATAGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataa                                                                                                                                >  1:2749021/1‑128 (MQ=255)
         tCTAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataata                                                                                                                              >  2:9170703/1‑128 (MQ=255)
           tAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATACACCATATTCTAAATTG‑‑‑aataataat                                                                                                                            >  1:1704433/1‑128 (MQ=255)
           tAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataataat                                                                                                                            >  1:2945571/1‑128 (MQ=255)
              tGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataataataat                                                                                                                         <  1:2163110/128‑1 (MQ=255)
               gggtgATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataataataata                                                                                                                        <  1:4089890/128‑1 (MQ=255)
               gggggATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTC‑‑‑aataataataata                                                                                                                        >  1:6203581/1‑128 (MQ=255)
                 gggATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataataataataat                                                                                                                      <  2:2494252/128‑1 (MQ=255)
                 gggATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataataataataat                                                                                                                      >  1:8391973/1‑128 (MQ=255)
                 gggATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAAATTAAATGTAATTGTGTGCGGAAATAAACCATATTCTAAATTG‑‑‑aataatattaataat                                                                                                                      >  2:4091305/1‑128 (MQ=255)
                  gtaTTAAAAGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑aataataataataata                                                                                                                     <  1:7498487/126‑1 (MQ=255)
                         aTGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AAtaataataataataataataa                                                                                                              >  1:1875057/1‑128 (MQ=255)
                         aTGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AAtaataataataataataataa                                                                                                              >  2:1314759/1‑128 (MQ=255)
                              aaaaaTACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATATGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGTGTGCTGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAatg                                                                                                         <  1:1520910/128‑1 (MQ=255)
                              aaaaaTACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAatg                                                                                                         >  2:6776840/1‑128 (MQ=255)
                              aaaaaTACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAatg                                                                                                         >  2:5835263/1‑128 (MQ=255)
                              aaaaaTACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAatg                                                                                                         >  2:8994130/1‑128 (MQ=255)
                               aaaaTACTAACTTTACTATGTTTATTAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAatga                                                                                                        <  2:5000345/128‑1 (MQ=255)
                                 aaTACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑ATTAATAATAATAATAATAATAAGAatgatg                                                                                                      >  1:7663355/1‑128 (MQ=255)
                                   tACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGACTGATGAc                                                                                                    >  1:499580/1‑128 (MQ=255)
                                   tACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGAc                                                                                                    >  2:1173139/1‑128 (MQ=255)
                                    aCTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCTGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTACt                                                                                                   >  1:256255/1‑128 (MQ=255)
                                      tAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTAt                                                                                                 >  2:8343107/1‑128 (MQ=255)
                                      tAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTAt                                                                                                 <  1:120762/128‑1 (MQ=255)
                                      tAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTAt                                                                                                 >  1:3917272/1‑128 (MQ=255)
                                      tAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTAt                                                                                                 <  1:3713872/128‑1 (MQ=255)
                                        aCTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGTGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGa                                                                                               <  1:3488516/128‑1 (MQ=255)
                                        aCTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGa                                                                                               >  1:9110291/1‑128 (MQ=255)
                                         cTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAAGTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTT‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGAt                                                                                              >  2:7102211/1‑128 (MQ=255)
                                          tttACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGAtt                                                                                             >  1:4857020/1‑128 (MQ=255)
                                          tttACTATGTTTAATAGGGGTAATAGGTGTAATTGGTTTAACTAATTTAATTGTAATTGGGTGCGGCAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGAtt                                                                                             <  2:6186299/128‑1 (MQ=255)
                                           ttACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGAttt                                                                                            >  2:5639607/1‑128 (MQ=255)
                                            tACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAATTAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGAtttt                                                                                           >  2:6319607/1‑128 (MQ=255)
                                             aatatttttaatatttttaaTAGGTATAATAGTTTTAACTAATTTAAATTTAAATGGGTGAGTAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATTACTATGAttttt                                                                                          <  2:7638247/126‑2 (MQ=255)
                                              cTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGa                                                                                         >  2:4457857/1‑128 (MQ=255)
                                               tATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑‑‑‑AATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATa                                                                                     <  2:267219/128‑1 (MQ=255)
                                                 tGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAAt                                                                                      <  1:5852149/128‑1 (MQ=255)
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                                                   tttaataggtttaatatgtttaataggTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATaa                                                                                    <  1:6665421/128‑1 (MQ=255)
                                                    ttaataggtttaataggtttaataggtTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATaaa                                                                                   <  2:2837992/128‑1 (MQ=255)
                                                    ttaataggtttaataggtttaataggtTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATaaa                                                                                   >  1:6825038/1‑128 (MQ=255)
                                                    ttaataggtttaataggtttaataggtTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAAGAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATaaa                                                                                   >  1:9273955/1‑128 (MQ=255)
                                                     taataggtttaataggtttaataggttTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATaaaa                                                                                  <  2:4828545/128‑1 (MQ=255)
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                                                            tttaataggtttaataggtttaaCTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCtaata                                                                           >  2:5345238/1‑128 (MQ=255)
                                                             ttaataggtttaataggtttaaCTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTTAAATAAAATCtaataa                                                                          >  2:3210966/1‑128 (MQ=255)
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                                                                 taggtttaataggtttaaCTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAAc                                                                      <  1:5368291/128‑1 (MQ=255)
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                                                                 taggtttaataggtttaaCTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAAc                                                                      <  2:3390937/128‑1 (MQ=255)
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                                                                     tttaataggtttaaCTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAAc                                                                      >  1:1345263/1‑124 (MQ=255)
                                                                        aataggtttaaCTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTg                                                               <  2:357451/128‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                   acAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATTATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATAtt                    <  2:1633907/127‑1 (MQ=255)
                                                                                                                    cAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATta                   >  1:6533537/1‑128 (MQ=255)
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                                                                                                                       aTTCTAAAATG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATtaata                <  2:4623685/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                         tCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATaaa              >  1:6967987/1‑128 (MQ=255)
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                                                                                                                                 g‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTACTAAAATATTAATAAAACCATaaa      >  1:7336705/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                 g‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAAAAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGaaa      >  2:5992935/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                 g‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAAAAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAATCATAAAACACCTTCTAATATATTAATAAAACCAGaaa      >  2:8798015/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                     aataataataataataataatAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAATCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAAt     >  2:7782190/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                     aataataataataataataatAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAAt     >  2:7288858/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                     aataataataataataataatAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAAt     >  2:6463924/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                     aataataataataataataatAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAAt     >  2:1460508/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                      ataataataataataataataAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAATa    <  2:7489228/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      ataataataataataataataAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAATa    <  1:7102211/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      ataataataataataataataAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAATa    <  1:9623749/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                      ataataataataataataataAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAACCCTAAAACAACTTCAAAAATATTACTAAAACCAGAAATa    >  2:2995222/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                                        |                                                                                                                               
TAATCGCTTTCTAATGGGGGATTAAATGAAAAAAATACTAACTTTACTATGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAATAGGTTTAACTAATTTAAATGTAATTGGGTGCGGAAATAAACCAAATTCTAAATTG‑‑‑AATAATAATAATAATAATAATAAGAATGATGACTATGATTTTGAAATAAAATCTAATAAAAACAATAGTGAAAAAGACACTAAAACAAAGCCTAAAACAACTTCTAAAATATTAATAAAACCAGAAATAAA  >  CP016816/370346‑370606

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.