| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP016816 | 117946 = | 2115 (1.180) | 75 (0.050) | 54/212 | 44.2 | 4.1% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 1745 (1.160) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2197 total aligned reads displayed.
AAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAATATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTTAAAC > CP016816/117819‑118073 | aaTTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtatta > 1:246997/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattatt > 1:1908573/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTATATAAAAATAAAAATAATAAACAGCAACAAtattattata > 1:520592/1‑127 (MQ=255) agagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAAtattattatta > 1:44264/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |