| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913_3_bme_pgi | 2,911,480 | Δ12 bp | coding (2161‑2172/2235 nt) | relA ← | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913_3_bme_pgi | 2911480 | 2911491 | 12 | 77 [0] | [0] 74 | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_bme_pgi | = 2911479 | 0 (0.000) | 70 (1.230) | 49/282 | 0.1 | 100% | coding (2173/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase |
| ? | NC_000913_3_bme_pgi | 2911492 = | 0 (0.000) | coding (2160/2235 nt) | relA | (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase | |||||
TTTCCTCAAACCGCTATCATATGTAGATACAGTATATATCAATCTACATTGTAGATACGAGCAAATTTCGGCCTAACTCCCGTGCAACCGACGCGCGTCGATAACATCCGGCACCTGGTTGAGTTTACCCAGCACGCGCCCCAGCACTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGTCGTGATATCACGTAACAACCCACTACGATCATTAGCT > NC_000913_3_bme_pgi/2911345‑2911636 | ggatcataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTg < 2:446046‑M2/3‑1 (MQ=255)ggatcataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttaggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcctcgataacatccggcacctggttgtgtttacccagcacTTg > 1:879109‑M2/148‑150 (MQ=255) cgtaaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacagtgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgaaaacatccggaacctggtttagtttacacagcacTTGCAgg > 2:531773‑M2/144‑150 (MQ=255) cataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacctccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAgg > 2:149420‑M2/144‑150 (MQ=255) cataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAgg > 2:755921‑M2/144‑150 (MQ=255) cataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAgg > 2:475999‑M2/144‑150 (MQ=255) cataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagataaagtatatatcaaactacattgtagatacgatcaaatttcggactaactcacgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagtacTTGCAgg < 1:724933‑M2/7‑1 (MQ=255) ataaccctttcctcaaaccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattatagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGt < 2:631374‑M2/8‑1 (MQ=255) 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ccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGCAAATCTCAATGGTc > 1:1735‑M2/126‑150 (MQ=255) ccgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagataagagcaaatttcggcctaactcccgtgcaacagacgcgcgacgataacatccggcccctggttgagtttacccagcccTTGGAGGTTGTTCATCTCAATGGTc > 2:656815‑M2/126‑150 (MQ=255) cgctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCa < 1:54828‑M2/26‑1 (MQ=255) gctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCAt > 1:744386‑M2/124‑150 (MQ=255) gctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgaagcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCAt > 1:563648‑M2/124‑150 (MQ=255) ctatcatatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaattttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgatatcatccggcagcgggttgagtttacgcagcacTGGCAGGTTGTAATTCTCAATGGTCATg > 2:553452‑M2/123‑150 (MQ=255) catatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcgtcctaactcccttgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctgattgagtttacccagcacTTGCAGGTAGTAAATCACAATGGTCAGGACGa > 2:186526‑M2/119‑150 (MQ=255) tatgtagatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATg < 2:147274‑M2/34‑1 (MQ=255) gatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGcc < 1:770313‑M2/40‑1 (MQ=255) gatacagtatatatcaatctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGcc < 1:684679‑M2/40‑1 (MQ=255) 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tctacattgtagatacgagcaaatatcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTc > 1:497063‑M2/94‑150 (MQ=255) tcaacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTc > 1:397876‑M2/94‑150 (MQ=255) ctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcccTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCg > 2:690574‑M2/93‑150 (MQ=255) ctacattgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGCAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCg < 2:1735‑M2/58‑1 (MQ=255) acatcgtagatacgagcaaatttcggcctaactcccgtgcaaccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCt < 2:715820‑M2/60‑1 (MQ=255) 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ccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCgag < 1:755921‑M2/102‑1 (MQ=255) ccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCgag < 1:475999‑M2/102‑1 (MQ=255) ccgacgcgcgtcgataacatccggcacctggttgagtttacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCgag > 2:410102‑M2/49‑150 (MQ=255) ccgacgcgcgtcgataacagccggcacctggttgagattacccagcacTTGCAGGTTGTAAATCTCAATGGTCATGGCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCgag < 1:149420‑M2/102‑1 (MQ=255) cgcgtcgataacatccggcccctggttgagtttacccaccacTTGCAGGGTGTAAATCTCACTGGGCATGTCGATGGTCGCCAGTTGCTGTTTGGTGTCGCTACGGCTGGCAACGCCAAGCACGTTCACCTTCTCGTTGGCGAGAATGGt < 2:559632‑M2/108‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |