| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437885 = | 2751 (0.620) | 342 (0.100) | 147/204 | 9.4 | 13.9% | intergenic (‑189/+233) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437880 | 2010 (0.560) | intergenic (‑184/+238) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 2971 total aligned reads displayed.
TGAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA > CP016816/437753‑438007 | tGAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATg > 1:4469671/1‑128 (MQ=255) gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑a > 1:2255029/1‑128 (MQ=255) aaaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑at > 2:7125770/1‑128 (MQ=255) aCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atat > 2:3045970/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatat > 1:43068/1‑128 (MQ=255) tttttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGAATTTTAAAAATAAAAATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCAATATTAACTATAGCGGTAATG‑‑‑‑‑‑atatatata > 2:1653880/1‑128 (MQ=255) ttttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatat > 1:55576/1‑128 (MQ=255) tacaaaaatAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatata > 1:1572031/9‑128 (MQ=255) gttttatttttAATTTTTAATATATATTATAAATAAAAATTTTTTTTTTAAAATAAATATTTTATTATATTAATATAATAAAAAAACTAAATATTAAATATAGATTTTATT‑‑‑‑‑‑atatatatatatatata < 2:9494314/120‑1 (MQ=255) gTTTTAATTTTCATTTTTAATATATATTATAAATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTATGATATGAAGCAAAGAAAAAACCTCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatatatata < 2:3424244/128‑1 (MQ=255) gTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACGTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatatatata > 2:5114507/1‑128 (MQ=255) tttAATTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAAGCAAAGAAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatata < 1:1147928/126‑1 (MQ=255) tGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAATCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatata < 1:7824953/128‑1 (MQ=255) tGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatata > 1:526001/1‑128 (MQ=255) ttatttttAATTTTTAATAAATTTTAGATATAAATATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTTGTAAATTAATAAAAGCAAAAAACTACATATTAAATATATAGTTAATT‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatat < 2:374755/123‑1 (MQ=255) gTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATATAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATTTATCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatat < 2:3879912/128‑1 (MQ=255) 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atTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTATATTTTTAGTTTTTATTTATATTATATAAAGTaaata > 2:6994616/1‑128 (MQ=255) atTACCTATAGAGATAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTtaa < 2:2255029/128‑1 (MQ=255) ttACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGATATTTAGATCTGAGTTAGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTta > 2:5458799/1‑128 (MQ=255) tACGTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATAGATATATCTATATATATATCTGCAAGCGATCAGCATAACATGGTGATAGTTAGATCTGAGGTGGGCTTAAATTTGGAGGTGTTATTTATAGTTTATAAAGTtaa < 2:8908680/128‑1 (MQ=255) ccTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTaataat > 1:5699428/1‑128 (MQ=255) aatatataTTTAAAG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGGCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTtaata < 2:4740925/126‑1 (MQ=255) agttttAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATTAAGTTAATAATTTa < 2:8520403/124‑1 (MQ=255) agagATAATT‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATTGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTa < 2:5920915/128‑1 (MQ=255) agagATAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATCTATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTa < 1:9451141/128‑1 (MQ=255) ttaTG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGAttt < 1:7399377/126‑1 (MQ=255) aTG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATTTATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGAttttt < 1:392595/128‑1 (MQ=255) aTG‑‑‑‑‑‑ATAAATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGAttttt < 1:4770071/128‑1 (MQ=255) | TGAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA > CP016816/437753‑438007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |