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New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_000913 | = 4499511 | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
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ATTCAGGGGGCCAGTCTAGAAACGGAAAACAAACAACGGTTATCGTTATAGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGATTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTGAA < 2:405036/301‑1 ATTCAGGGGACCAGTCTAGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGATTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTG < 2:1072876/299‑1 GGGGCCAGTCTAGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGATTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTGAAAATT < 1:108102/299‑1 GTCTAGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGATTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTGAAAATTTGGGATTT > 2:895084/1‑300 CTAGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGCTTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTGAAAATTTGGGATTTCC > 1:1106682/1‑300 AGCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGATTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTGAAAATTTGGGATTTCCCAT > 2:749973/1‑301 GCAGGAACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3186395‑3186096 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GCAACGGAAAACCAACAACGGTTATCGTTATCGATATAA‑AAAAGAAATTTAGATATATCAGAAGTCGTATCGAAAAAATTCAAAAAGATGAGTCGTTTACAAATAGACTTGAGCCTCGACAATTAAAAAACCCAGAGTACTGGTCACCAGAGTATGTTTTGGTATGTAACCTTAAGGCCTATTTTGTAAATAAAGCTATCAACATGGGCTTAGTGAAAACGCCTCTTGTTGCGTGGATAGATTTTGGCTATTGCCATAAGCCAAATGTAACTCGAGGATTGAAAATTTGGGATTTCCCAT < NC_000913/3793487‑3793188 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |