| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 4,188,484 | Δ27 bp | 100% | coding (3136‑3162/4224 nt) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 4188484 | 4188510 | 27 | 74 [0] | [0] 73 | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 4188483 | 0 (0.000) | 66 (1.320) | 55/268 | NT | 100% | coding (3135/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| ? | NC_000913 | 4188511 = | 0 (0.000) | coding (3163/4224 nt) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit | |||||
AAGTACCTTACGGTGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCATTACGCGTCAGACCGACGAACTGACCGGTCTGTCTTCGCTGGTGGTTCTGGATTCCGCAGAACGTACCGCAGGTGGTAAAGATCTGCGTCCGGCACTGAAAATCGTTGATGCTCAGGGTAACGACGTTCTGATCCCAGGTACCGATA > NC_000913/4188335‑4188631 | aaGTACCATACGGTGCGGGACTGGCCAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGCACCCGCACACCAAGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGGTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACC < 2:452307‑M1/149‑1 (MQ=255) cTTACGGTGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGAAGGCGTCGTAGCCGTTGTAAACTGGGACCCGCACACCCTGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTCCTTACCTGACCGACGGCCAGACCggtctg > 2:152592‑M1/1‑143 (MQ=255) gtccgttacttgcGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACAGTTGCAAACTGGCACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGATATGATCTACGGCCAGACCggtctgtcttcg < 2:627749‑M1/143‑13 (MQ=255) tGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGCCGGCCAGACCggtctgtcttcgc < 2:336656‑M1/149‑14 (MQ=255) tGCGGTACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgc < 2:815568‑M1/149‑14 (MQ=255) tACTGGCGAAAGGCGATGGCGAACGGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtg < 2:319910‑M1/149‑19 (MQ=255) tGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCCGGCCggtctgtcttcgctggtggtt > 1:237877‑M1/1‑128 (MQ=255) tGGCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggtt > 1:719768‑M1/1‑128 (MQ=255) ggCGAATGGCGGTGGGGAACAGGTTGCGGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttc < 2:24197‑M1/149‑23 (MQ=255) ggCGAAAGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACGGGCATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcgtcgctggggggtc > 1:417830‑M1/1‑127 (MQ=255) aaaGGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctgga < 1:902641‑M1/149‑27 (MQ=255) aaaCGCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAACCCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctgga < 2:214916‑M1/149‑27 (MQ=255) ggCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCCTGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattc < 2:689510‑M1/149‑30 (MQ=255) ggCGATGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattc < 1:827310‑M1/149‑30 (MQ=255) aTGGCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGCAGTAAGCGGTGTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCgggctgtgttcgctggtggttctggattccgca > 2:50359‑M1/1‑116 (MQ=255) gCGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaa > 1:838810‑M1/1‑113 (MQ=255) cGAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTCCGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaac < 1:462424‑M1/149‑38 (MQ=255) gAACAGGTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacg < 1:454825‑M1/149‑39 (MQ=255) ggTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACAATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGAGATGATGGACGGCCAGACGggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcacaacgtaccg > 2:98200‑M1/1‑106 (MQ=255) gTTGCTGGCGGCGAAACCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggtcctggattccgcagaacgtaccgc > 1:572365‑M1/1‑105 (MQ=255) ttGCTGGCGGCGAAACCGTTTCACACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgca < 1:575371‑M1/149‑46 (MQ=255) aCCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCGGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatct > 1:540130‑M1/1‑90 (MQ=255) aCCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatct < 2:815422‑M1/149‑60 (MQ=255) aCCGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatct < 1:884085‑M1/149‑60 (MQ=255) aCCCTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGCAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatct < 2:815376‑M1/149‑60 (MQ=255) cGTTGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgc > 1:755180‑M1/1‑88 (MQ=255) ttGCAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtgctactgcgctccgctgaacgtaccgcagggggtaaagctctgcgt > 1:170391‑M1/1‑86 (MQ=255) cAAACTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccg > 1:464982‑M1/1‑83 (MQ=255) aaaCTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATTACTGAAGTAGCTTGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccgg < 1:252483‑M1/149‑68 (MQ=255) aaaCTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGGTCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggagtccgcagagcgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccgg > 2:474941‑M1/1‑82 (MQ=255) aaaCTGGGACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccgg > 2:747399‑M1/1‑82 (MQ=255) aaaCTGGGACCCGCACACCATGCCGGCTACCACCGAAGGAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccgg < 2:726851‑M1/149‑68 (MQ=255) aaaCTGGCACCCGCACACCATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTAAGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtgtttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccgg < 1:172816‑M1/149‑68 (MQ=255) 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ccATGCCGGTTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgat < 1:630572‑M1/149‑85 (MQ=255) ccGGGTATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctca < 1:759966‑M1/149‑90 (MQ=255) ttATCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggt > 1:44910‑M1/1‑56 (MQ=255) agcacCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGTTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtacagcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaa < 2:309658‑M1/147‑96 (MQ=255) aTCACCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaa > 1:297012‑M1/1‑54 (MQ=255) aCCGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacga > 1:884388‑M1/1‑51 (MQ=255) ccGAAGTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgac < 2:670503‑M1/149‑100 (MQ=255) gTAAGCGGTTTTGTAGGCTTTAGGGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttttggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagagctgcgtccggcacggaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttct < 2:440879‑M1/149‑105 (MQ=255) gTAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttct > 2:862495‑M1/1‑45 (MQ=255) tAAGCGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctg > 2:543626‑M1/1‑44 (MQ=255) cGGTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcc > 1:873381‑M1/1‑40 (MQ=255) ggTTTTGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCGGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatccc < 2:540130‑M1/149‑111 (MQ=255) ttttGTACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccag > 1:906413‑M1/1‑37 (MQ=255) tACGCTTTACTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtacc > 2:153385‑M1/1‑32 (MQ=255) aCTGACATGATCGACGGCCAGACCggtctgtcttcgctggtggttctggattccgcagaacgtaccgcaggtggtaaagatctgcgtccggcactgaaaatcgttgatgctcagggtaacgacgttctgatcccaggtaccgatatgcc < 1:260807‑M1/149‑126 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |