| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1973060 = | 4 (0.060) | 56 (0.900) | 40/292 | 0.7 | 93.3% | intergenic (‑606/‑174) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTG > CP009273/1972913‑1973208 | tttCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTTTTTTTTTTTTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTActct > 1:1029172/1‑149 (MQ=255)tttCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACt > 2:1017198/1‑149 (MQ=255)tttCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTATAATGCGGAGAATCAGGacacg > 1:259045/1‑148 (MQ=255) tGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTAtttt > 2:812317/1‑149 (MQ=255) cggcataacctgaatctgaagaagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggcgctgcatgacaaagttatcgggcattatctgaacataaaacactatgaataagttggagtcagtacgCTattttt < 1:631798‑M1/8‑2 (MQ=255) aaTACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTg < 1:1000174‑M1/149‑2 (MQ=255) cataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTta > 1:208130‑M1/139‑149 (MQ=255) aacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATaa < 1:962664‑M1/14‑1 (MQ=255) gATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGATTCAGTACACTATTTTCTggtgatgc < 2:576714‑M1/149‑9 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTa < 2:225101‑M1/17‑1 (MQ=255) tgaatcgggggcagccgctggcacgcctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcagcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTAc > 2:626335‑M1/132‑149 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaaaactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACAttt < 1:39564‑M1/22‑1 (MQ=255) tATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaac > 1:833903‑M1/1‑134 (MQ=255) aTTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacg < 2:764996‑M1/149‑17 (MQ=255) ttttAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACCAAGAAAGACAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTAAATATATTAAACACTTGTTTAATGCGGAGAATAAGTACACTATTTTCTgatgatgcgcccaacttc > 1:801276‑M1/1‑131 (MQ=255) catctggcacggctgggacggcagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTatat > 1:333905‑M1/118‑149 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATg < 1:144999‑M1/33‑1 (MQ=255) aCAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatt < 1:714273‑M1/149‑25 (MQ=255) 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2:944059‑M1/115‑1 (MQ=255) tAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggt < 1:812317‑M1/149‑109 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTtc < 2:738544‑M1/118‑1 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTtc < 2:456006‑M1/118‑1 (MQ=255) aaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTAATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACATGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCTTTtc < 1:28367‑M1/118‑1 (MQ=255) aCCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgattctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgc < 1:946877‑M1/149‑111 (MQ=255) aCCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaac < 2:62588‑M1/54‑16 (MQ=255) aCCACTTGTTGAATGCGGAGAATCAGTTAGCTATTTTCTggtgattctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgcttcagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtttagctactgacggggtggtgc < 1:954882‑M1/149‑111 (MQ=255) ccACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgggatggtgcg > 1:925985‑M1/1‑38 (MQ=255) ccACTTGTTCAACGCGTATAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcg < 1:417684‑M1/149‑112 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAGTAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTtctc > 2:807672‑M1/30‑149 (MQ=255) ttGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtacc > 2:983928‑M1/1‑34 (MQ=255) 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TTTCATGCAATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTTTAATGTCACCTG > CP009273/1972913‑1973208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |