| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 2,867,796 | IS1 (+) +9 bp | coding (950‑958/1140 nt) | nlpD ← | activator of AmiC murein hydrolase activity, lipoprotein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2867796 = | 0 (0.000) | 29 (0.790) | 28/260 | 0.5 | 100% | coding (958/1140 nt) | nlpD | activator of AmiC murein hydrolase activity, lipoprotein |
| ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| * | ? | NC_000913 | = 2867804 | 0 (0.000) | 35 (0.950) | 30/260 | 0.4 | 100% | coding (950/1140 nt) | nlpD | activator of AmiC murein hydrolase activity, lipoprotein |
| ? | NC_000913 | 3583428 = | NA (NA) | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
AAATGCAAGCGTGTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2867672‑2867804‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGC > NC_000913/3583428‑3583569 AAATGCAAGCGTGTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGC < 3:79809/144‑1AAATGCAAGCGTGTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGC > 4:79809/1‑144 CAAGCGTGTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTG < 5:50577/149‑1 GTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGC > 2:361/1‑132 GTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGC < 1:361/132‑1 GTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATG < 5:94257/148‑1 CTACCCATGGTCGCTTTTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 1:7596/149‑1 CCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGGACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGT < 1:189441/149‑1 ATGGTCGCTATTTTTTGCCCCTCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCT > 1:63363/1‑149 ATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCT > 5:87605/1‑149 TTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTTCTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG > 7:80598/1‑149 CCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTC < 5:115515/149‑1 CCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTT < 1:20635/122‑1 CCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTT > 2:20635/1‑122 CCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG < 2:181187/107‑1 CCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTG > 1:181187/1‑107 AACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCT < 4:61012/148‑1 TGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA > 8:42984/1‑110 TTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTT < 2:63363/148‑1 TTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT > 8:118400/1‑94 TTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGAT < 7:118400/94‑1 CCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT < 1:105622/101‑1 CCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT > 2:105622/1‑101 AGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGA < 4:74134/54‑1 AGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGA > 3:74134/1‑54 TTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGG > 1:49104/1‑149 TTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGC < 6:40233/147‑1 TTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGC > 5:40233/1‑147 ACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGC < 5:55185/133‑1 ACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGC > 6:55185/1‑133 ACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT < 2:186115/67‑1 ACTCAGGTAATCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT > 1:186115/1‑67 TCATCATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACAT > 8:64012/1‑149 CATTATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGC > 6:173946/1‑149 TATGTTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGC > 4:87731/1‑148 AAATGCAAGCGTGTTGAACTGGTTCCGGTGCTACCCATGGTCGCTATTTTTTGCCCCGCCTTAACTTCTTGTTGTTCCCGGACCAGCATTGTGTCGTTATGGGCGTAGGCACTCAGGTAATCATCATTATGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2867672‑2867804‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGGACATCAGCGC > NC_000913/3583428‑3583569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |