| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 273,833 | C→T | intergenic (‑16/+9) | JCVSYN2_01135 ← / ← JCVSYN2_01140 | dihydroxyacetone kinase/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 273,833 | 0 | C | T | 99.4% | 10556.6 / NA | 3362 | intergenic (‑16/+9) | JCVSYN2_01135/JCVSYN2_01140 | dihydroxyacetone kinase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (1867/1469); minor base A (13/8); total (1882/1480) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 3427 total aligned reads displayed.
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TCTCCATCAGGAACTGGAAAGACATTTAATTTATCTATTTGTGGATAATGATTGTATAGATTATTAACTCCACTTGTGATCATGTTTTTTAATAATTCTAATTTTTTCATTTTACTCAGATCTTTCTTATTTTTTTAGATTAAATCTTCAACAATTACATCAACTTTATGTTCAATATTATTTTTAAAATTCTTTTCTAATTCATATTTAATGCGAATCTGAATTTCTTTTAAAATATCTAAAATATTAA > CP016816/273708‑273957 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |