| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 437,881 | 0 | A | . | 64.8% | 868.8 / inf | 902 | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (169/147); new base . (300/283); total (469/433) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1325 total aligned reads displayed.
GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAAT > CP016816/437754‑438008 | gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 2:4245494/1‑128 (MQ=255)gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 1:3035356/1‑128 (MQ=255)gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑a > 2:617404/1‑128 (MQ=255) aaaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑at > 1:2645572/1‑128 (MQ=255) aaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ata > 1:826462/1‑128 (MQ=255) aaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ata > 1:573618/1‑128 (MQ=255) aaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACATCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ata > 1:1629444/1‑128 (MQ=255) aaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTATTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ata > 1:4247014/1‑128 (MQ=255) ttATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatat > 1:2173931/1‑128 (MQ=255) tATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatata > 2:2929312/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTTTAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatat > 1:3762094/1‑128 (MQ=255) ttttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACATATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatat > 2:3476509/1‑128 (MQ=255) tttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATAATAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatata > 1:1246895/1‑128 (MQ=255) ttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGTAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatat > 1:4354984/1‑128 (MQ=255) ttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGTAAATGAAGCAAAGCAAAAACATCAATATTACATATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatat > 2:2711742/1‑128 (MQ=255) gTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatatatatat > 2:4162690/1‑128 (MQ=255) 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GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAAT > CP016816/437754‑438008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |