BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP016816	245,271	A→T	T1634S (ACT→TCT)	JCVSYN2_01035 →	ABC transporter permease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	245,271	0	A	T	99.7%	4478.2 / NA	1436	T1634S (ACT→TCT)	JCVSYN2_01035	ABC transporter permease
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/0); new base T (745/687); total (749/687)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1487 total aligned reads displayed.

GTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTGGAACTGC  >  CP016816/245146‑245395

gTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCt                                                                                                                            <  1:215665/128‑1 (MQ=255)

     gatgatATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGc                                                                                                                       <  2:508582/128‑1 (MQ=255)

        gatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACATTAATTATTACTTCAGCttt                                                                                                                    >  1:2876368/1‑128 (MQ=255)

        gatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCttt                                                                                                                    >  2:2148046/1‑128 (MQ=255)

         atatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTa                                                                                                                   >  2:2420768/1‑128 (MQ=255)

           attatTAGTAATATT‑AAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACGTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTa                                                                                                                <  1:180428/125‑1 (MQ=255)

            tgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTa                                                                                                                <  2:94587/128‑1 (MQ=255)

            tgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTa                                                                                                                >  1:620365/1‑128 (MQ=255)

            tgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTa                                                                                                                <  1:1180953/128‑1 (MQ=255)

             gatTAGTAATATTAAAAATGAAAAGTTATTAGATACATCATTAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTAATTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAg                                                                                                               <  2:2019130/128‑1 (MQ=255)

             gatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTTGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAg                                                                                                               <  2:361955/128‑1 (MQ=255)

              atTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGt                                                                                                              <  2:1167222/128‑1 (MQ=255)

              atTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGt                                                                                                              >  1:2833119/1‑128 (MQ=255)

              atTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTATATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGt                                                                                                              >  1:2029030/1‑128 (MQ=255)

              atTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATAAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTATATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATTATTACAGTATTAATTTCTTCTTCTTTACTatt                                                                                                              >  1:1344290/1‑126 (MQ=255)

               ttAGTTATATTAAAAATCATAACTTATTAGCTACATGTAAAAGTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTTGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTa                                                                                                             <  1:1605015/128‑1 (MQ=255)

               ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTa                                                                                                             <  2:208096/128‑1 (MQ=255)

               ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTa                                                                                                             >  1:2746622/1‑128 (MQ=255)

                   tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGt                                                                                                         >  2:565654/1‑128 (MQ=255)

                    aaTATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGtt                                                                                                        >  1:1558208/1‑128 (MQ=255)

                      tatTAAAAATCAAATCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAAATACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACTGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                                                                      <  1:703095/128‑1 (MQ=255)

                       atTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAt                                                                                                     >  1:389411/1‑128 (MQ=255)

                        ttAAAAATCATAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAtt                                                                                                    <  2:2328442/128‑1 (MQ=255)

                        ttAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAtt                                                                                                    >  2:833584/1‑128 (MQ=255)

                          aaaaaTCAAATCTTATTAGATACATCAAATACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                                                                  <  2:1316918/128‑1 (MQ=255)

                          aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                                                                  <  1:3080688/128‑1 (MQ=255)

                            aaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAg                                                                                                <  2:1784734/128‑1 (MQ=255)

                            aaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAg                                                                                                >  1:26958/1‑128 (MQ=255)

                               tCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGata                                                                                             >  1:1923401/1‑128 (MQ=255)

                               tCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGata                                                                                             <  1:2596161/128‑1 (MQ=255)

                                cAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGatat                                                                                            <  2:2740630/128‑1 (MQ=255)

                                cAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGatat                                                                                            <  2:1452283/128‑1 (MQ=255)

                                cAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGatat                                                                                            >  1:1299053/1‑128 (MQ=255)

                                 aataCTTATTAGCGACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAtt                                                                                           <  1:241792/125‑1 (MQ=255)

                                 aaaaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAtt                                                                                           >  2:1206575/1‑128 (MQ=255)

                                      ttattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGt                                                                                      >  2:433866/1‑128 (MQ=255)

                                       tattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTa                                                                                     >  2:761879/1‑128 (MQ=255)

                                          taGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACt                                                                                  <  2:265523/128‑1 (MQ=255)

                                          taGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACt                                                                                  >  2:2914774/1‑128 (MQ=255)

                                            gCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCa                                                                                <  1:2942845/128‑1 (MQ=255)

                                            gCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCa                                                                                <  1:655101/128‑1 (MQ=255)

                                             cTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATTTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                                                               >  1:818580/1‑128 (MQ=255)

                                               aCATCAAAAAATTTAATTAATAATATTAATTTTATAGATATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTa                                                                             <  1:1969351/128‑1 (MQ=255)

                                                cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                                                               <  2:1391038/125‑1 (MQ=255)

                                                cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                                                            >  2:1956706/1‑128 (MQ=255)

                                                cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                                                            >  2:3101311/1‑128 (MQ=255)

                                                cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                                                            >  1:2246690/1‑128 (MQ=255)

                                                  tCAAAAACTTTACTTAATCATATTACTATTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCa                                                                          <  1:1003894/128‑1 (MQ=255)

                                                  tCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCa                                                                          <  2:664704/128‑1 (MQ=255)

                                                   cAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCaa                                                                         <  2:126849/128‑1 (MQ=255)

                                                     aaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGATATTTCTATTGTAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTATTAATGTTAATTTCAGATATATATGTAACTCAGTATCAACa                                                                       >  2:2479156/1‑128 (MQ=255)

                                                      aaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAg                                                                      <  1:564755/128‑1 (MQ=255)

                                                       aaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGt                                                                     >  2:2206308/1‑128 (MQ=255)

                                                          tttAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTa                                                                  >  1:2455647/1‑128 (MQ=255)

                                                           ttaattaaTCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGAAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGAATCACCAGTTTAt                                                                 >  1:2084938/1‑128 (MQ=255)

                                                               ttaatCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtt                                                             <  2:721553/128‑1 (MQ=255)

                                                                taatCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                                                            >  2:3210999/1‑128 (MQ=255)

                                                                taatCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                                                            >  2:1529147/1‑128 (MQ=255)

                                                                  atCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                                                          >  1:1239226/1‑128 (MQ=255)

                                                                  atCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                                                          >  2:1897418/1‑128 (MQ=255)

                                                                  atCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTAAAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTAAATTTCAGATATTTATTTAACTCAGTATCAACAGTTAATGATTTTa                                                          >  2:158473/1‑128 (MQ=255)

                                                                   tCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTaa                                                         >  1:998110/1‑128 (MQ=255)

                                                                   tCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGATTATCATATTaa                                                         >  1:1436098/1‑128 (MQ=255)

                                                                        ttACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGaaa                                                    <  2:173762/128‑1 (MQ=255)

                                                                           cTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCt                                                 >  2:280326/1‑128 (MQ=255)

                                                                             tttATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTATTAATGTTAATTTCAGATATTTATCTAACTCAGTATCAACAGATTATGATTATAATGAAAGCtta                                               >  1:1388726/1‑127 (MQ=255)

                                                                                 taGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGa                                           <  1:3132261/128‑1 (MQ=255)

                                                                                   gCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGata                                         <  2:1845000/128‑1 (MQ=255)

                                                                                   gCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGata                                         >  2:2277445/1‑128 (MQ=255)

                                                                                     tATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTAAGGATAtt                                       >  1:2302175/1‑128 (MQ=255)

                                                                                       tttCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCa                                     >  2:2550333/1‑128 (MQ=255)

                                                                                        ttCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCaa                                    <  2:1654087/128‑1 (MQ=255)

                                                                                         tCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCaaa                                   >  1:884681/1‑128 (MQ=255)

                                                                                          cTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAAt                                  >  1:3021655/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                gAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATaaa                            <  2:2601752/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aaTGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATaaaa                           <  2:2981974/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                  aTGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACATTTTATGATTTTAATTAAAGCTTTATGATATTCAAATTATAAAAt                          >  1:3181390/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                  aTGTTATTAATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAAt                          >  1:1752123/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                     ttattaATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAg                       >  1:457532/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                     ttattaATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAg                       >  1:2644275/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                      tattaATAATTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGt                      <  1:1032982/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                         taataaTTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTaaa                   >  1:943132/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                         taataaTTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTaaa                   >  1:1845776/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                          aataatTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAat                  <  1:1493547/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aataatTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATAAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAat                  <  2:896807/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                           ataatTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAata                 >  2:3149861/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            taatTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGGAAatat                >  1:1084476/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                             aatTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATg               >  1:2810022/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                             aatTACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTATAATGAAAGCTTTAGTATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATg               >  2:2862292/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                             aatAACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATg               >  2:3041491/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                tACAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCtt            <  2:1036807/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  cAGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCtttt          <  1:743517/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                  cAGTAATTATTTCTTCAGATTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCtttt          <  1:16740/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                   aGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCttttt         >  1:2501296/1‑127 (MQ=255)

                                                                                                                   aGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTg         >  2:1094976/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                   aGTAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTg         >  2:63478/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                     tAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTGGa       >  1:2545678/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                     tAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTGGa       <  1:23482/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     tAATTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTATGGa       >  1:515656/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                      aaTTATTTCTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTGGaa      <  1:333081/128‑1 (MQ=255)

GTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGATATTCAAATTATAAAATTAGTAAATATGCTTTTGGAACTGC  >  CP016816/245146‑245395

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`