Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816105,3390TG59.7% 1105.9 / 221.0 907intergenic (+834/+92)JCVSYN2_00420/JCVSYN2_00430translation elongation factor Tu/alanine‑‑tRNA ligase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (65/290);  new base G (383/143);  total (473/434)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 0.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1072 total aligned reads displayed.

TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468
                                                                                                                               |                                                                                                                                  
ttGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAATATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTAATTATTAATAATTATTAGTATATTTATAATTATAATAtaatt                                                                                                                                    >  1:1307477/1‑128 (MQ=255)
    tattctaGCCTTTTTTATTTGTAATATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCTTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                <  1:2388501/122‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTATATTTATCCTTTTAATATaataaatt                                                                                                                                >  1:1635819/1‑128 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                <  2:2254234/128‑1 (MQ=255)
    tAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATaatgaatt                                                                                                                                <  1:1904749/128‑1 (MQ=255)
     aaTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattt                                                                                                                               >  1:1691779/1‑128 (MQ=255)
      aTCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaattta                                                                                                                              <  2:1176406/128‑1 (MQ=255)
       tCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaa                                                                                                                             <  1:2255395/128‑1 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGAATAATGTTAATATAAATTAAATAAGTATTTAATATAATAAAATATTTTAATAATCATATTAAAAAAAataatttaa                                                                                                                             >  1:860443/2‑128 (MQ=255)
       acAAGCCTTTTTTATTTCTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTAATATGATTTAATATTTTATTTATCATTTTAAAATAAttaattaaa                                                                                                                             >  2:2808792/2‑128 (MQ=255)
        cAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAAtgaatttaat                                                                                                                            <  1:395268/128‑1 (MQ=255)
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            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaa                                                                                                                        <  1:778142/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaa                                                                                                                        <  1:3057276/128‑1 (MQ=255)
            ccTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATAATTTTAATATAATTAATATAATTaaa                                                                                                                        >  1:1964404/1‑128 (MQ=255)
            acTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATTTTTATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTaaa                                                                                                                        <  1:1178832/127‑1 (MQ=255)
              ttttttATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTCATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATAAAAat                                                                                                                      >  2:2984671/1‑128 (MQ=255)
                    aTTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTta                                                                                                                >  1:2115818/1‑128 (MQ=255)
                     tttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTtaa                                                                                                               >  1:273483/1‑128 (MQ=255)
                      ttGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTATCTAATTAATTAATATAATTTATTAATAAAATTATAATATAAATATAAAAAAATAAATAAAAATATaataat                                                                                                              >  1:2333405/1‑128 (MQ=255)
                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTTATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATATAATTAAAATATTTtaat‑a                                                                                                            >  1:1436884/1‑128 (MQ=255)
                       tGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTtaat‑a                                                                                                            >  1:2928135/1‑128 (MQ=255)
                         tAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaa                                                                                                          >  1:2793797/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTATAAT‑aaaa                                                                                                         >  1:1760778/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGTATTGATTAGTTTATTAATCATTTTAATATAATAAATTAAATAAAAAAATTTAAAT‑aaaa                                                                                                         >  1:1160594/1‑128 (MQ=255)
                          aaaaTCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaa                                                                                                         >  2:2601196/1‑128 (MQ=255)
                              tCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaa                                                                                                     >  1:2831236/1‑128 (MQ=255)
                                aCTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaa                                                                                                   >  1:918191/1‑128 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTATTATTGATTATTTTATTTATCATTTTAATATAATTAATTTAAATAAAATATTAAAAT‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                              >  1:491455/1‑128 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                              >  1:3151516/1‑128 (MQ=255)
                                     ttatAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaa                                                                                              >  1:2558100/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTATGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                             >  1:1000026/1‑128 (MQ=255)
                                      tataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGAATTAATTAGCATTTATTAGATAAAAAATACTTAAAAAATAATAAATTTAATTAAAATATTATAaa‑aaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                             >  1:2018314/1‑128 (MQ=255)
                                       ataGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                            >  1:706203/1‑128 (MQ=255)
                                          ttATTAAATTATAAATTTTTATTTTTATTTAAAATATCTAATTTTTTATTATTTTTTATTAGTTTATTTATACTTTTAAAATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑aaaaaaaaaaaaaaaaacaa                                                                                         <  2:1577057/127‑4 (MQ=255)
                                             ttaaaaaaTAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAATTATTTATTAGGATTTATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAc                                                                                     <  2:2724374/126‑1 (MQ=255)
                                                aataatAAATTTTAATGTTAATAAAAATTAGCTAATTTTTTATTAGGTTTTTTTAGTTTTTTTTTCATTTTAATATAATTAATTTAATTAAAAAATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCt                                                                                   <  1:2986455/128‑1 (MQ=255)
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                                                 ataataAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATATTAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                  >  1:567908/1‑122 (MQ=255)
                                                  taataaATATTAATTTTAATATAAAATATCTAAGTATTTATTTTGATTTTTTATTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTTAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAat                                                                                <  2:1082642/128‑1 (MQ=255)
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                                                     taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataaat                                                                              >  2:1790117/1‑118 (MQ=255)
                                                     taaAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCATTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑Aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaataat                                                                              >  2:2932004/1‑118 (MQ=255)
                                                       aatattattTTTAATATAAATTATTTAATTTTTTATTTGGTTTGATTAGTTTATTTATACTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGt                                                                           <  1:2507169/125‑1 (MQ=255)
                                                           ttAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAATAATATTTTTaaa                                                                       >  1:1557484/1‑128 (MQ=255)
                                                              aTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATATTATTaaaaa                                                                     >  1:1042744/1‑128 (MQ=255)
                                                              aTGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACCAAATATTTTTaaaaaa                                                                    >  1:264284/1‑127 (MQ=255)
                                                               tttatatatAAATTTGCTTATTATTTATTTTTATTTATTATTATATTTATACTTTTTAAATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACa                                                                   <  1:1600391/123‑1 (MQ=255)
                                                                tttAATATAAATTATATAATTATTTTTTTTTATTTATTAGTTTATTAATACATTTAAAAAAATGAATTTAATTAAAAAATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACa                                                                   <  2:2073332/127‑1 (MQ=255)
                                                                 ttAATATAAATTATCTAAGTTTTTATTAGGTTTGTTTTTTTTATTTATCCTTTTAATAAAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑AAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACaat                                                                 <  2:335967/128‑1 (MQ=255)
                                                                   aaTATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATAATATTTTTAAAAACaata                                                                >  2:2664115/1‑127 (MQ=255)
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                                                                        aaaatatttAATTATTTATTATGATTTTTTATTTTTATTATACTTTTAAAATAAATAATTTAATTAAAATTATTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAattaatta                                                           <  2:1486734/120‑1 (MQ=255)
                                                                        aaaTTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACATAATATTTTTAAAAAAAAtaaattaa                                                          >  1:738183/1‑128 (MQ=255)
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                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACCAAATATTATTAAAAAAAAataattaattattt                                                    >  1:1801931/1‑122 (MQ=255)
                                                                              gCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAACAAAAAATTATTAAAAAAAAtaaataaataatat                                                    >  2:55600/1‑122 (MQ=255)
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                                                                               cTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAAAAAAAAAATTTTTAAAAAAAAataaataataattaa                                                   >  1:3093341/1‑121 (MQ=255)
                                                                                tAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATGAATTTAATTAAAATATTTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGAAAAAAAATTTTAAAAAAAaataaaaaaataattg                                                    >  1:2481360/1‑118 (MQ=255)
                                                                                   ttattttttATGTTTTATTATTTTATTTATCATTATAATATAATGATTTTAATTAAAATATTTTAAT‑‑‑AAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATttat                                              <  2:951147/127‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                            aatgaattTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAA‑AAGAACAAATATTTTTAAAAAAAATTAATTAATTATTGATTTATTAAATTTTATTTTTTAAAAAATTAACCTTGAGATAATTTa      >  2:3035540/1‑128 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                                  
TTGTTAATCAAGCCTTTTTTATTTGTAAAATCACTTATTATAGTATGAAATAATAAAGATTAATGTTAATATAAATTAGCTAAGTATTTATTAGGATTGATTAGTTTATTTATCCTTTTAATATAATTAATTTAATTAAAATATTTTAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAACAAGACCTAATATTGTTAAAAACAATTAATTAAGTCTTGATTTATTAAATATTATTTTTTAACAAATTTACCTTGAGCTAAATTAGCGT  >  CP016816/105212‑105468

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑