| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 408852 | 1731 (1.170) | 57 (0.040) | 41/228 | 21.2 | 3.5% | intergenic (‑116/+12) | JCVSYN2_01790/JCVSYN2_01795 | adenylate kinase/preprotein translocase subunit SecY |
| ? | CP016816 | = 408855 | 1607 (1.200) | intergenic (‑119/+9) | JCVSYN2_01790/JCVSYN2_01795 | adenylate kinase/preprotein translocase subunit SecY | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 398 total aligned reads displayed.
GCTCCTAATAGCATAATATTCATAAATAAAGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/408714‑408852‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaaaaaggcaATATGCCTTTTTTATTTGTATTAATTAATTGAAACTTAACTATTTTATTTGGTTATGTTATTTAGAATATAGATTGTTATAAAATACATTTATAGTGCTATAAAAAAGGAACTTTATTTATGAATAT < CP016816/408855‑408729 CTCCTAATAGCATAATATTCATAAATAAAGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAAT < 1:1050384/128‑1 TCCTAATAGCATAATATTCATAAATAAAGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGAATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACAAAATAAAATAGTTAAGATTCAAATAATAATTACAAATA > 1:499239/1‑128 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GCTCCTAATAGCATAATATTCATAAATAAAGTTCCTTTTTTATAGCACTATAAATGTATTTTATAACAATCTATATTCTAAATAACATAACCAAATAAAATAGTTAAGTTTCAATTAATTAATACAAATAAAAAAGGCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/408714‑408852‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataaaaaaggcaATATGCCTTTTTTATTTGTATTAATTAATTGAAACTTAACTATTTTATTTGGTTATGTTATTTAGAATATAGATTGTTATAAAATACATTTATAGTGCTATAAAAAAGGAACTTTATTTATGAATAT < CP016816/408855‑408729 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |