Predicted mutation | ||||||
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RA | CP016816 | 22,024 | G→A | E537K (GAG→AAG) | JCVSYN2_00070 → | tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP016816 | 22,024 | 0 | G | A | 99.1% | 9581.1 / NA | 3398 | E537K (GAG→AAG) | JCVSYN2_00070 | tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/11); major base A (1801/1515); minor base T (17/14); total (1843/1555) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 3410 total aligned reads displayed.
CGGATTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTTAGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAATATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGT > CP016816/21899‑22149 | ggATTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCGTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAAAGc < 1:7824254/128‑1 (MQ=255) ggATGGTAAAATCTGTTTTAAGGATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAAAGc < 2:6462855/128‑1 (MQ=255) gATTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAAAGcc > 1:5364711/1‑128 (MQ=255) aTTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAATTCTTAAAAAAAGCTGAGACAGAATTGTTAAAGCCa > 2:6993747/1‑128 (MQ=255) 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CGGATTGTAAAATCTGTTTTAAGTATGGCTTATACTATAGCCCTGTTAGTACCCCAGCAGATTTTCGGATGCTTGCTCCTATTGTATTGGAACAAGTCTTAAAAAAAGCTGGAACAGAATTGTTAGAGCCATATCTTAGTTTTAAAATTTATGCGCCACAGGAATATCTTTCACGAGCATACAACGATGCTCCTAAATATTGTGCGAACATCGTAGACACTCAATTGAAAAATAATGAGGTCATTCTTAGT > CP016816/21899‑22149 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |