BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP016816	245,230	C→T	A1620V (GCT→GTT)	JCVSYN2_01035 →	ABC transporter permease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	245,230	0	C	T	99.0%	3411.4 / NA	1116	A1620V (GCT→GTT)	JCVSYN2_01035	ABC transporter permease
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (564/538); minor base A (9/2); total (573/543)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.54e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1116 total aligned reads displayed.

ATTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGA  >  CP016816/245105‑245354

aTTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTACTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTa                                                                                                                            <  2:1625736/128‑1 (MQ=255)

  tttATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTAtt                                                                                                                          <  2:1987257/128‑1 (MQ=255)

   ttATATTTTAAATGGTCATTGAGCTTCATCTGCTTCTTGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTAttt                                                                                                                         <  1:2081359/128‑1 (MQ=255)

   ttATATTTTAAATGGTCATGGATCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTAttt                                                                                                                         <  1:1930998/128‑1 (MQ=255)

       atTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTAt                                                                                                                     <  1:764711/128‑1 (MQ=255)

         tttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTg                                                                                                                   >  1:1331109/1‑128 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTAAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTgg                                                                                                                  >  1:1504768/1‑128 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTACATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATATCTAttcg                                                                                                                  >  2:1471025/1‑126 (MQ=255)

             taTGGTCATGGATCTTAATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAAt                                                                                                               <  2:2372199/127‑1 (MQ=255)

             aaTGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTATAAGTAATCAAATTACTATTATAGTTAATTCTATTGCAAt                                                                                                               >  1:294248/1‑128 (MQ=255)

              aTGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATg                                                                                                              <  2:762153/128‑1 (MQ=255)

                  tCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTATATAGATATTTCTATTGGAAtattat                                                                                                          >  2:384414/1‑128 (MQ=255)

                     tGGAGCTTGATCTGATTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaa                                                                                                       <  1:2205948/128‑1 (MQ=255)

                     tGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaa                                                                                                       <  1:1812234/128‑1 (MQ=255)

                      ggAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaat                                                                                                      >  2:932497/1‑128 (MQ=255)

                       gAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaata                                                                                                     <  1:2465294/128‑1 (MQ=255)

                        aGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaataa                                                                                                    >  1:1417477/1‑128 (MQ=255)

                         gCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTaataat                                                                                                   <  2:1856145/128‑1 (MQ=255)

                          cTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAAtt                                                                                                  >  1:1761236/1‑128 (MQ=255)

                          cTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAAtt                                                                                                  <  2:1097479/128‑1 (MQ=255)

                          cTTCATCTGCTGCTGGTGATGAGGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAAtt                                                                                                  <  2:2332243/128‑1 (MQ=255)

                           ttCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTa                                                                                                 >  1:233336/1‑128 (MQ=255)

                             cATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACa                                                                                               <  1:1289888/128‑1 (MQ=255)

                                  gCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCTAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGTAATGTAATTAATAATTACAGTAat                                                                                          >  1:1048846/1‑128 (MQ=255)

                                    ttCTGGTGATGATGATATGATTAGTTATATTATAATTCAAAACTTATTAGCTACATCAATAACTTTAATTAATCATATTACTTTTTTAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAatta                                                                                        <  1:925186/128‑1 (MQ=255)

                                    ttCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAatta                                                                                        <  1:1694299/128‑1 (MQ=255)

                                    ttCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAatta                                                                                        <  1:359030/128‑1 (MQ=255)

                                     tCTGGTGATGATGATATGATTATTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATGAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAattat                                                                                       <  2:427106/128‑1 (MQ=255)

                                         gTGATGATGATCTGATTAGTACTACTAAAAATCAAAACTTATTATCTAAATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTCTTTCTCTTGGAATGTTCTTAAAAATTACAGTAATTATTACt                                                                                   <  2:1225940/128‑1 (MQ=255)

                                         gTGATGATGATATGATTATTAATATTAAAAATCATAAATTATTATTTAGATAAAATAGTTTAATTAATCAAATTACATTTATAGTTTTTTCTTTTTTAATGTTATTAATAATTACAGTTATTATTACt                                                                                   <  1:1000349/128‑1 (MQ=255)

                                            atgatgatATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAACAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTAGTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCa                                                                                >  2:1579335/1‑128 (MQ=255)

                                            atgatgatATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCa                                                                                <  2:1404907/128‑1 (MQ=255)

                                               atgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCt                                                                             >  2:2261301/1‑128 (MQ=255)

                                               atgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCt                                                                             >  1:1372064/1‑128 (MQ=255)

                                                tgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCtt                                                                            <  1:51280/128‑1 (MQ=255)

                                                tgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCtt                                                                            >  2:691344/1‑128 (MQ=255)

                                                 gatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCttt                                                                           <  1:2393719/128‑1 (MQ=255)

                                                  atatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTa                                                                          <  1:243838/128‑1 (MQ=255)

                                                  atatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTa                                                                          <  2:1510257/128‑1 (MQ=255)

                                                   tatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTAc                                                                         >  1:1092486/1‑128 (MQ=255)

                                                    atgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACt                                                                        <  2:963085/128‑1 (MQ=255)

                                                     tgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTa                                                                       <  2:1890343/128‑1 (MQ=255)

                                                      gatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      <  1:216994/128‑1 (MQ=255)

                                                      gatTAGTAATAATAAAAATCAAAAATTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTCATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      <  2:2230498/128‑1 (MQ=255)

                                                       atTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGt                                                                     >  2:830473/1‑128 (MQ=255)

                                                        ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCATAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATTTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTa                                                                    <  2:2408530/128‑1 (MQ=255)

                                                        ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTa                                                                    <  1:1131029/128‑1 (MQ=255)

                                                           gTAATATTAAATATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTATAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATg                                                                 <  1:395010/128‑1 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGt                                                                >  2:2129684/1‑128 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGt                                                                >  1:1642456/1‑128 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGt                                                                >  1:117005/1‑128 (MQ=255)

                                                               tatTAATAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                             <  1:2134074/128‑1 (MQ=255)

                                                               tatTAAATAGAAAAAGTTATTCTCTACATCTATTACTTTCATTAATCAAATTACTTTTATAGGTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTAGAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                             <  1:1603303/128‑1 (MQ=255)

                                                               tatTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                             >  1:2001643/1‑128 (MQ=255)

                                                               tatTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                             >  1:890069/1‑128 (MQ=255)

                                                               tatTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                             >  1:689510/1‑128 (MQ=255)

                                                                atTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAt                                                            >  2:219486/1‑128 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         <  1:2300209/128‑1 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         >  1:2369085/1‑128 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGAAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTAAATTTc                                                         >  2:639726/1‑128 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACAACAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         <  1:1974835/128‑1 (MQ=255)

                                                                         cAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTTGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGatat                                                   >  1:809992/1‑128 (MQ=255)

                                                                         cAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTa                                                                       <  2:491902/108‑1 (MQ=255)

                                                                         cAAAACTTATTAGATACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGatat                                                   <  2:253472/128‑1 (MQ=255)

                                                                            aaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTa                                                <  1:47737/128‑1 (MQ=255)

                                                                               ttattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGt                                             <  1:564568/128‑1 (MQ=255)

                                                                                tattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTa                                            <  2:1177907/128‑1 (MQ=255)

                                                                                 attaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTaa                                           >  1:858870/1‑128 (MQ=255)

                                                                                   taGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACt                                         <  2:2042440/128‑1 (MQ=255)

                                                                                    aGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTc                                        <  1:1545831/128‑1 (MQ=255)

                                                                                        aCATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTa                                    <  2:304419/128‑1 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  2:807304/1‑128 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  2:2011086/1‑128 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  2:56345/1‑128 (MQ=255)

                                                                                             aaaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCa                                       >  2:354295/1‑120 (MQ=255)

                                                                                             aaaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAAc                               >  2:466741/1‑128 (MQ=255)

                                                                                              aaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACa                              <  2:1330102/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                    ttaattaaTCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTAt                        <  2:1143330/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                       attaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGt                                             >  2:520429/1‑104 (MQ=255)

                                                                                                       attaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAt                     <  2:1681664/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtt                    <  1:989487/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtt                    <  2:1792090/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ttaatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGCAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATTTAACTCAGTATCAACAGATTATGAtt                    >  1:443596/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                         taatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                   <  1:530397/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aatcttaTTACTTTTCTAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTACTAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  <  1:1459474/122‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTTTTTCTTTTTGAATGTTATTAATAATTACAGTTATTATTACTTCAGATTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  <  1:602592/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  <  2:244085/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  >  1:953419/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATATCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  <  2:1749355/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                           atCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                 >  1:1206218/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            tCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTaa                >  2:1929601/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            tCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTaa                >  2:127721/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                aTTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGaa            <  1:2243066/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 ttACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGaaa           <  1:1851716/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    cTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCt        >  2:2149021/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   >  1:1889528/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   >  2:1713899/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   >  2:1367813/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   >  2:1025665/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                          taGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGa  <  2:864529/128‑1 (MQ=255)

ATTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGA  >  CP016816/245105‑245354

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 15 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`