| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_vch_pgi | 1487376 = | 23 (1.040) | 4 (0.190) | 4/272 | 2.5 | 16.0% | coding (142/801 nt) | ydcF | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding |
| ? | NC_000913_3_vch_pgi | 1487398 = | 20 (0.940) | coding (164/801 nt) | ydcF | DUF218 superfamily protein, SAM‑binding | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCCGCACTACAACACTATCCGCACCACTGGCAGAGCAGAAGCGACCATCCTGGC > NC_000913_3_vch_pgi/1487270‑1487542 | aaCTATAGATGGCATAATTGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTCATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGc < 2:232216/149‑1 (MQ=255) cTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGGGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCaa < 2:62586/149‑1 (MQ=255) aTGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCt > 2:263336/1‑149 (MQ=255) gCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCATGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATAGATGAGGCATGTAAGATTGGCCGCGATCAGCAAGTTACttt > 1:160379/1‑149 (MQ=255) aTAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACt > 1:363050/1‑149 (MQ=255) ttATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAgt > 1:391713/1‑149 (MQ=255) gACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTGCACAGTTTGCATGTAAGATTGCGCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTggtggt > 1:189845/1‑149 (MQ=255) aaaaagttgtcgagtgaccgataccaccactaatcagtaaaggaatttgctgatcgcgggcaatcttacATGCCGACTATCGATGCGGCATGTaa < 1:273540‑M1/26‑1 (MQ=255) aaaaagttgtcgagtgaccgataccaccactaatcagtaaaggaatttgctgatcgcgggcaatcttacATGCCGACTATCGATGCGGCATGTaa > 2:273540‑M1/70‑95 (MQ=255) gcAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGTAAATTCCTTTACTGCTTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGa > 2:218071/1‑149 (MQ=255) gatgatTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAAc > 1:106851/1‑149 (MQ=255) tttCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACttttt < 1:263336/149‑1 (MQ=255) ttatcCGGTGAGGTGTCGTCTCTGGGCGATTGCGTGATCCTTTGAGGTAATGCGGTTATGCCGACTATGGATGCGGAATGTAAGATTGTCCGCGATCAGCAAATTCCTTTCCTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACtttttt < 2:156819/146‑1 (MQ=255) gataccaccactaatcagtaaaggaatttgctgatcgcgggcaatcttacATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTg < 1:341571‑M1/31‑1 (MQ=255) gataccaccactaatcagtaaaggaatttgctgatcgcgggcaatcttacATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTg > 2:341571‑M1/51‑81 (MQ=255) gTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTCTCCCGACTATCGATGCGGCATGCAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACCCGACAACTTTTTTGTATAgc > 2:358557/1‑149 (MQ=255) tCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATTCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGc < 2:106851/149‑1 (MQ=255) ccGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGACATCGCGCAGCATCCg > 1:247304/1‑149 (MQ=255) gATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCa < 1:122311/71‑1 (MQ=255) gATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCa > 2:122311/1‑71 (MQ=255) gCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCACGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCTGCACTac < 2:239544/149‑1 (MQ=255) cGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCCGCACTaca > 1:374116/1‑149 (MQ=255) cTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCCGCACTACAACACTAt < 2:374116/149‑1 (MQ=255) caatcttacatgccgcatcgatagtcggcatGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATc < 1:341571‑M2/50‑1 (MQ=255) caatcttacatgccgcatcgatagtcggcatGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATc > 2:341571‑M2/32‑81 (MQ=255) tGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCCGCACTACAACACTATCCGCACCACTg > 1:202537/1‑149 (MQ=255) ttacatgccgcatcgatagtcggcatGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACttttt > 2:273540‑M2/27‑95 (MQ=255) ttacatgccgcatcgatagtcggcatGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACttttt < 1:273540‑M2/69‑1 (MQ=255) gcatGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCCGCACTACAACACTATCCGCACCACTGGCAGAGCAGAAGCGACCATCCTGGc > 1:266508‑M2/5‑149 (MQ=255) | AACTATAGATGCCATAAATGTTATCGGACAGTGGCTGGCGCAGGATGATTTCTCCGGTGAGGTGCCGTATCAGGCCGATTGCGTGATCCTTGCAGGCAATGCGGTTATGCCGACTATCGATGCGGCATGTAAGATTGCCCGCGATCAGCAAATTCCTTTACTGATTAGTGGTGGTATCGGTCACTCGACAACTTTTTTGTATAGCGCCATCGCACAGCATCCGCACTACAACACTATCCGCACCACTGGCAGAGCAGAAGCGACCATCCTGGC > NC_000913_3_vch_pgi/1487270‑1487542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |