| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | 1216552 = | 17 (0.380) | 38 (0.850) | 30/278 | 0.6 | 69.1% | coding (184/267 nt) | ariR | RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 1469240 | NA (NA) | intergenic (‑91/‑1) | insC1/ydbA | IS2 repressor TnpA/pseudogene, autotransporter homolog; interrupted by IS2 and IS30 | |||||
TGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGT > NC_000913_3_pae_pgi/1216404‑1216687 | gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccggtctag < 1:607386‑M1/1‑1 (MQ=255)gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctag > 1:506383‑M1/149‑149 (MQ=255) aTAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGGGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAATTCTGATACACTCCTTGGaa > 1:216480/1‑149 (MQ=255) aaGCGGTAGCAAGTTACTTTCGCAGTGCGGGTAATTGGTTAAAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGTTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACt < 2:283272‑M1/149‑2 (MQ=255) ttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAaacaa > 1:672501‑M1/143‑149 (MQ=255) gTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACtggat > 1:433912‑M1/1‑144 (MQ=255) gTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATGTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAAcaacaa < 1:110112/149‑1 (MQ=255) gTTAGCAAGTTACGTTATCACGTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTATGTCTGATACCCTCCTTCGAAACtggat < 2:67908‑M1/149‑6 (MQ=255) ctttgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacaccaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAAcaacaa > 1:255036‑M1/140‑149 (MQ=255) tgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAAcaacaa < 1:425816‑M1/10‑1 (MQ=255) tgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAAcaacaa > 2:425816‑M1/137‑146 (MQ=255) aGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACCAGTg > 1:309893/1‑149 (MQ=255) ggtacgccgtctgcgtttctccgtccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGata > 1:748552‑M1/134‑149 (MQ=255) ccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtgtggagattcaggtggccagtttaTAAACAACAATTGATATTTTCa < 2:45510‑M1/22‑1 (MQ=255) cTTTCGCAGTTCGGGTAATGTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGTCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCa < 2:549592/149‑1 (MQ=255) tttCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCaa > 2:337435/1‑149 (MQ=255) gtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCaaa > 1:223271‑M1/126‑149 (MQ=255) gtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCaaa > 1:506921‑M1/126‑149 (MQ=255) tgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACATCAAGAGATATTCTACAAGCt < 1:120170‑M1/27‑1 (MQ=255) gCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttcca > 1:319858‑M1/1‑127 (MQ=255) gTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAACTCTGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagac < 1:709482‑M1/149‑26 (MQ=255) ggttaatTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagacatct < 1:17404‑M1/146‑30 (MQ=255) gggTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagacatct < 2:319858‑M1/149‑30 (MQ=255) 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(MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACt < 2:741633‑M1/47‑1 (MQ=255) aagaagaaTCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 2:197043‑M1/1‑106 (MQ=255) tcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCGGATGTGATTAGAAAAACACTGGa < 1:102920‑M1/50‑1 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCgt > 1:741633‑M1/94‑149 (MQ=255) tctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCgtg > 1:417546‑M1/93‑149 (MQ=255) 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1:401132‑M1/128‑1 (MQ=255) aGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTaa < 1:169171/109‑1 (MQ=255) aGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTaa > 2:169171/1‑109 (MQ=255) tGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcgcttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatcggtatgccgttgtttatatgctcgaccgc > 2:147664‑M1/1‑19 (MQ=255) tGATACACTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattccaagcccgctgccgcaaatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatcccattccgtataagcatcgaacg > 2:147685‑M1/1‑19 (MQ=255) gATACCCTCCTTGGAAACtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccatgcgttataatgctcgaacgc < 2:663479‑M1/149‑132 (MQ=255) gccagtctaGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACtca < 2:576554‑M1/120‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |