| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,176 | G→A | T285I (ACC→ATC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,176 | 0 | G | A | 99.5% | 736.2 / NA | 203 | T285I (ACC→ATC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (92/109); minor base C (1/0); total (93/110) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTAC > NC_000913_3_pae_pgi/3440030‑3440321 | gATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCt < 4:762345/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGt < 4:1362090/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGt < 3:1583/150‑1 (MQ=255) cGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTAc < 4:378371/150‑1 (MQ=255) ggTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCCGAGCCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCCCGCTTAGGCGATCTCAGGCGCTCAACCTCGCTACGCCGTAcc > 2:1838565/1‑150 (MQ=255) ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAg > 2:1505702/1‑150 (MQ=255) ttACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAg < 2:1027764/150‑1 (MQ=255) aCTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGAt > 3:1093906/1‑150 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCt > 4:52550/1‑137 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCt < 3:52550/137‑1 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCAcc < 3:712435/150‑1 (MQ=255) gTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCAACGGGCAGCCAGCCCGTATTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGAGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACAAGATCAcc > 2:1906216/1‑150 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACTTCTTTAATCTCAGTAAGAGATGTTTTACCAAGGGTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCg > 3:665596/1‑150 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCg < 3:967414/150‑1 (MQ=255) tCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAGTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATAGGCTGTACCAGATCACCg > 3:491633/1‑150 (MQ=255) aGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGt > 1:1028725/1‑136 (MQ=255) aTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCGGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAg < 3:68757/150‑1 (MQ=255) gCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTg < 2:734087/150‑1 (MQ=255) 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aGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTc > 3:243180/1‑150 (MQ=255) tCCATGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCaa > 3:1357254/1‑150 (MQ=255) tCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGt < 2:1583127/147‑1 (MQ=255) tCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCaa > 2:1918297/1‑150 (MQ=255) cACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCATCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt < 2:1396265/121‑1 (MQ=255) cACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt > 1:1396265/1‑121 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ttttAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa > 3:48654/1‑86 (MQ=255) ttttAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa < 4:48654/86‑1 (MQ=255) ttttAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCa < 2:802673/150‑1 (MQ=255) ttttAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCGGGTTTCTCTTCTTTCa > 3:1307991/1‑150 (MQ=255) ttAAGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACt < 2:2297647/150‑1 (MQ=255) aGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAggatc < 2:1343245/117‑1 (MQ=255) aGGAGCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAggatc > 1:1343245/1‑117 (MQ=255) gCTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCg < 2:146648/92‑1 (MQ=255) cgcAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGTCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTg < 1:1906216/148‑1 (MQ=255) cTCAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCttt < 1:1161514/138‑1 (MQ=255) cAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTa < 1:1563278/62‑1 (MQ=255) cAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTa > 2:1563278/1‑62 (MQ=255) cAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCtcttc < 4:1202206/133‑1 (MQ=255) cAACCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCtcttc > 3:1202206/1‑133 (MQ=255) aaCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTa < 1:2173640/61‑1 (MQ=255) aaCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTa > 2:2173640/1‑61 (MQ=255) aaCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACg > 4:153220/1‑150 (MQ=255) aaCCTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACg > 2:1212663/1‑150 (MQ=255) cTCGATACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTAc < 1:1212663/150‑1 (MQ=255) | TGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTAC > NC_000913_3_pae_pgi/3440030‑3440321 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |