| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,279,656 | G→T | S248I (AGC→ATC) | kbaZ → | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaZ subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,279,656 | 0 | G | T | 98.9% | 314.5 / ‑3.6 | 88 | S248I (AGC→ATC) | kbaZ | tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaZ subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (44/42); total (44/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 | |||||||||||
CCACGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAAGCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGCCCTGCGTGAAGC > NC_000913_3_pae_pgi/3279509‑3279800 | ccACGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATcc < 1:255573/150‑1 (MQ=255) cACGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGCTCACACCAACGTTACTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCa > 1:50561/1‑150 (MQ=255) aCGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAg < 4:611096/150‑1 (MQ=255) aCGCGGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAg < 2:60580/150‑1 (MQ=255) cGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGa < 4:488864/150‑1 (MQ=255) gCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGAt > 3:307923/1‑150 (MQ=255) cGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATcc < 4:679735/133‑1 (MQ=255) aCGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGaaa > 4:225119/1‑150 (MQ=255) ccTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATcc < 1:196176/126‑1 (MQ=255) ccTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGc < 3:538551/150‑1 (MQ=255) cTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCt < 3:524445/150‑1 (MQ=255) tttGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTg > 1:29185/1‑150 (MQ=255) tttGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTg > 4:622054/1‑150 (MQ=255) ttGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGa > 1:907837/1‑150 (MQ=255) aaaaGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGAttt > 1:86220/1‑150 (MQ=255) aaaGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGAtttt > 4:147064/1‑150 (MQ=255) aaGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTc > 2:418531/1‑150 (MQ=255) aGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCg < 3:439969/150‑1 (MQ=255) aGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCg < 3:147064/150‑1 (MQ=255) aGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCg < 4:666073/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGTGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAg < 1:684813/150‑1 (MQ=255) aGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAgc < 4:45261/150‑1 (MQ=255) gTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAgcgc > 4:123538/1‑150 (MQ=255) aaTGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCActct > 2:498602/1‑150 (MQ=255) aaTGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCActct > 1:892541/1‑150 (MQ=255) ccATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGAtttt > 1:1044283/1‑133 (MQ=255) ccATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGAtttt < 2:1044283/133‑1 (MQ=255) cATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGa > 3:317281/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGACGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGAt > 4:646644/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGACGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGAt > 4:646611/1‑150 (MQ=255) aTCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGAGAGAGACTAAAACCAGATGGTCGTGTTCTACGATACGCTGATTGTCGAAGCGCACTCTACCgtt < 4:644087/150‑3 (MQ=255) cTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTa < 2:86220/150‑1 (MQ=255) ggCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATc > 1:267628/1‑150 (MQ=255) gCCACGCATCATTGCCCTGGTGTTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCa < 2:593990/150‑1 (MQ=255) catcatTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAAcgcc < 1:278480/150‑1 (MQ=255) tcatTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAAcgccgc < 2:267628/150‑1 (MQ=255) tcatTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAAcgccgc > 4:176488/1‑150 (MQ=255) tcatTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAAcgccgc > 1:151140/1‑150 (MQ=255) catTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCa > 2:348902/1‑150 (MQ=255) tGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATgg > 2:82071/1‑89 (MQ=255) tGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATgg < 1:82071/89‑1 (MQ=255) gtggtTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTgcgc > 3:194454/1‑150 (MQ=255) gtggtTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTgcgc > 2:258953/1‑150 (MQ=255) gtTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAg > 1:392292/1‑150 (MQ=255) gtTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATCATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAg > 1:1088544/1‑150 (MQ=255) ttCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGc > 3:93201/1‑150 (MQ=255) 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aaaGCGAGCGCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGcc < 4:317281/150‑1 (MQ=255) gcgagcgCCTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGCCCTg < 1:874811/150‑1 (MQ=255) ccTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGCCCTGCGTGAAg < 2:134262/150‑1 (MQ=255) cTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGCCCTGCGTGAAGc > 2:726051/1‑150 (MQ=255) cTTAATCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGCCCTGCGTGAAGc > 4:667887/1‑150 (MQ=255) | CCACGCTGGAAGCCCATCGTCACGCCTTTGAAAAGCAAGGTTTGAATGCCATCTGGCCACGCATCATTGCCCTGGTGGTTCAACCCGGCGTCGAATTCGATCACACCAACGTTATTGATTATCAGCCCGCCAAAGCGAGCGCCTTAAGCCAGATGGTCGAAAACTACGAAACGCTGATTTTCGAAGCGCACTCTACCGATTATCAAACGCCGCAATCGCTGCGCCAGCTGGTGATTGACCACTTTGCCATTCTGAAAGTTGGCCCAGCGCTGACCTTCGCCCTGCGTGAAGC > NC_000913_3_pae_pgi/3279509‑3279800 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |