| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,087 | Δ2 bp | coding (942‑943/990 nt) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,086 | 0 | C | . | 100.0% | 242.4 / NA | 52 | coding (944/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (28/24); total (28/24) | |||||||||||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,087 | 0 | C | . | 100.0% | 242.4 / NA | 52 | coding (943/990 nt) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base . (28/24); total (28/24) | |||||||||||
ACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGT > NC_000913_3_pae_pgi/3439939‑3440227 || aCATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGGCAGC‑GATGCTTCCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGca < 1:314442/149‑2 (MQ=255) aTAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTACT‑AGCAGGTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGcgga > 1:475140/1‑146 (MQ=255) gCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGcagagac > 1:214492/1‑143 (MQ=255) ccTGGGGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACGCTGACGATGGCGCATGACCTTATCCCTCTCAGTAAGACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGcagagaca < 1:482071/149‑8 (MQ=255) tGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGt > 1:411582/1‑149 (MQ=255) aTGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAACTCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACg < 1:654850/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACgg < 2:214492/149‑1 (MQ=255) gctgctGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTTGCCCGTTTTCCAGGCGCCTG‑‑CAGAGCCATTCCACGGGa > 2:171242/1‑149 (MQ=255) gctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGc > 1:931310/1‑149 (MQ=255) gTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGACGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTGCTCGTCCGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTGTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAg < 2:666183/149‑1 (MQ=255) gCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCGGCAc > 1:445026/1‑149 (MQ=255) gCGGTTCAGTGGACGACCACTCGTACGATGCCGCATGACCTCATCCTTCTCAGTAAAACATTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GTTGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCAc < 1:419590/149‑1 (MQ=255) ggTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt > 1:305586/1‑149 (MQ=255) ttCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCt < 2:445026/149‑1 (MQ=255) ttGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt > 1:241291/1‑149 (MQ=255) gacgacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtct < 2:1070621/149‑1 (MQ=255) gacCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAg > 1:890713/1‑149 (MQ=255) ctctTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAaga < 1:888251/149‑1 (MQ=255) ttACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATACGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCCGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAt > 1:484738/1‑149 (MQ=255) tGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTa < 2:411582/149‑1 (MQ=255) tGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt < 2:449591/123‑1 (MQ=255) tGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAt > 1:449591/1‑123 (MQ=255) ttATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGc > 1:107020/1‑149 (MQ=255) tCCTTCTCAGTAAATCCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGtt < 2:308441/149‑1 (MQ=255) ccTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGttt < 2:931310/149‑1 (MQ=255) tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGTCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTaa < 1:266550/149‑1 (MQ=255) tctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTaa < 2:241291/149‑1 (MQ=255) ctcAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAg < 2:305586/149‑1 (MQ=255) cgcAGGAAAACCTGAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCTTTTTAAg < 2:460835/147‑1 (MQ=255) aaaCCTTAACCTGTGATCAGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGACCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCCGCACGCCTTTAATCGCAGTAAGAGATTTTTTACCGAGGTTAGGCGTTTTAAGGTGCTCa > 2:302421/1‑149 (MQ=255) aaacTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCACC‑GATTCTTGCCGGTTGCGAGATTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCaa > 1:155666/4‑149 (MQ=255) ccTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAAcc > 1:1054735/1‑149 (MQ=255) ccTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑a > 2:157668/1‑149 (MQ=255) tgtgATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCGGGCGCGTG‑‑CAGAGACTGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAGTCTCAGTAAGAGGTTTTTTGTCAAGGTTAGGCGTTTTTATGAGCTCAACCTCGGtggg > 1:1016655/1‑146 (MQ=255) gATCCGGTTGCTGGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGTAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTg < 2:792436/149‑1 (MQ=255) tcggtttACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCGGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTa > 2:190540/6‑149 (MQ=255) tCCGGTTACTCGTCAGC‑GATTCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTa < 2:475140/149‑1 (MQ=255) ttACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGTCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑TAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTGAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGa < 1:743024/149‑1 (MQ=255) tcggaaGC‑GATGCTTGCCGGTGGCAAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCATATCAc < 2:405380/144‑1 (MQ=255) gTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCg > 1:285123/1‑149 (MQ=255) tCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGa > 1:867652/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGAt > 1:50097/1‑149 (MQ=255) cGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCt > 1:452223/1‑149 (MQ=255) tGGCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCt < 1:464085/149‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAg > 1:964311/1‑96 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAg < 2:964311/96‑1 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAGTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGGTATAGTGGATAGCTTCTGCt > 2:799017/1‑149 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACCAACCGCGTTTATCGAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGACATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCtt > 2:1040181/1‑149 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCGACGGGAAGCCACGCCGCCCTTAATCTCAGACAGAGAATTTTTACCCAGGTCACGCGTTTTAGGGAGGTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGCTCCCCGCTGCAGTGGATCGCTTCTGCtt > 2:979675/1‑149 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 1:920473/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt > 2:478187/1‑142 (MQ=255) cAGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt < 1:478187/142‑1 (MQ=255) cAGGCGCATG‑‑CAAAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAGTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATAGAGTGGATAGCTTCTGATTTAAGGCAg > 2:18484/1‑149 (MQ=255) aGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAATGTTAGGCGTTTTAAGCAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATAACCGATATAGTGGATAGCTTCTGATTTAAGGCAGt > 2:639958/1‑149 (MQ=255) aGGCGCATG‑‑CAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt < 1:633820/149‑1 (MQ=255) aGGCGCATG‑‑CAGAGACAGGCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGATCACG‑ACAAGAATATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGt > 2:1031575/1‑149 (MQ=255) || ACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGC‑GATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGT‑ACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGT > NC_000913_3_pae_pgi/3439939‑3440227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |