| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3719794 = | 251 (1.170) | 35 (0.180) | 19/178 | 14.8 | 13.3% | intergenic (+26/‑255) | yiaG/cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | 3719816 = | 230 (1.180) | intergenic (+48/‑233) | yiaG/cspA | HTH_CROC1 family putative transcriptional regulator/RNA chaperone and antiterminator, cold‑inducible | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_pae_pgi/3719900‑3719794‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caggaccgtTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAA > NC_000913_3_pae_pgi/3719816‑3719914 CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCA < 1:4008168/100‑1CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCA < 1:3591180/100‑1CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCA < 1:261309/100‑1CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCA < 2:2525837/100‑1CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCA < 1:2179667/100‑1 GTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAG > 1:391119/1‑100 GTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAG > 2:3240644/1‑100 TCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAG > 1:1580338/1‑99 TCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAG > 2:1748257/1‑99 CAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGA > 1:3445664/1‑100 AAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGAC > 2:2217834/1‑100 AAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGAC > 2:157581/1‑100 AAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGAC < 2:1234717/100‑1 AAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGAC < 1:4961091/100‑1 AACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACC < 2:4065170/100‑1 AACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACC > 1:1222685/1‑100 AACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACC < 1:4171615/100‑1 ACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCG < 1:699785/100‑1 ACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCG > 1:4484249/1‑100 ACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCG < 1:4302819/100‑1 CGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGT > 1:3304523/1‑99 ATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTTATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAAT > 2:3617515/1‑100 CAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTG < 1:2209166/99‑1 TTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGC > 1:746966/1‑100 ATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGC < 2:745676/99‑1 ATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATACTTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAA > 2:3860924/1‑99 ATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAAT > 2:354316/1‑100 ATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAAT > 1:990327/1‑100 ATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAA > 2:3861106/1‑99 GGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCA > 1:2476501/1‑100 GGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGC < 1:3625347/99‑1 GGTTGGAAAACGGTCCTGTCAACAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTG > 2:5213844/1‑71 GTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATCAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATTCA > 2:4078404/1‑99 GTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCA > 1:654617/1‑99 GTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAAT > 2:4078825/1‑96 TGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACAT > 1:4894998/1‑100 TGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGAACA > 2:266291/1‑99 GGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACAT > 1:1084088/1‑99 GGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACAT > 1:1662703/1‑99 GGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACAT > 1:4902549/1‑99 GAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATC > 1:542544/1‑99 GAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATC > 2:3993049/1‑99 AAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAA > 2:2292610/1‑90 AAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAAC > 1:163795/1‑100 AAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAAC > 2:3838507/1‑100 AAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAAC > 1:5068866/1‑100 AAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAAC > 1:2215170/1‑100 AAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAAC > 1:2620485/1‑100 AAACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAAC > 2:1255536/1‑100 ACGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGG > 2:472825/1‑100 CGGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGT > 1:2607696/1‑100 GGTCCTGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTT > 1:3668295/1‑100 TGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACG > 1:950520/1‑100 TGTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCAC > 2:3257904/1‑85 GTCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACA < 1:3264678/85‑1 TCATCAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTA < 1:4002105/100‑1 CAGGACCGTTTTCTAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAAGTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAG < 2:5150585/99‑1 CAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAACAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGA > 2:1233932/1‑100 CAGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGA > 1:419088/1‑100 AGGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGAC > 1:3462767/1‑100 GGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACC < 1:3928624/100‑1 GGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACC < 2:2635582/100‑1 GGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACC < 1:2067939/100‑1 GGACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGAC > 2:4363965/1‑99 GACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCA > 1:5261388/1‑100 GACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATAACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCA < 1:4387831/100‑1 ACCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT < 1:5120325/100‑1 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATT < 2:2863061/100‑1 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT > 1:2760837/1‑99 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT > 1:3390661/1‑99 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT > 1:3572342/1‑99 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT > 1:3389465/1‑99 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT > 2:65367/1‑99 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCAT > 1:2296357/1‑99 CCGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGAC > 2:1015866/1‑96 CGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATT > 2:4354111/1‑99 CGTTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATT > 2:4749349/1‑99 TTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACAGTTTGACGTACAGACCATTAAA < 2:3227554/100‑1 CGTCAAACCGTTGATGTGCATTAAGCCACGCATTGGCGGGTGATGCAACAATTATTTTTCATATTTATGATTAATCGGTTGGAAAACGGTCCTGTCATCAGGACCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913_3_pae_pgi/3719900‑3719794‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caggaccgtTTTCCAACCGATTAATCATAAATATGAAAAATAATTGTTGCATCACCCGCCAATGCGTGGCTTAATGCACATCAACGGTTTGACGTACAGACCATTAAA > NC_000913_3_pae_pgi/3719816‑3719914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |