| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_hsa_pgi | 1,195,445 | G→A | G108D (GGT→GAT) | icd → | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_hsa_pgi | 1,195,445 | 0 | G | A | 98.6% | 217.1 / NA | 71 | G108D (GGT→GAT) | icd | isocitrate dehydrogenase; e14 prophage attachment site; tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (31/39); minor base C (0/1); total (31/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGAAAACTCG > NC_000913_3_hsa_pgi/1195299‑1195590 | cGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCCGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTtgatg < 2:346042/149‑1 (MQ=255) tggTAAAATCTCCTGTATGGTATTTTACACCCGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGTCGTCTGGCTGGCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGATTATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGATGACCACTCCGGTTGATGGCg < 2:1028911/147‑1 (MQ=255) gagTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTTAAAAATCAACAAAGGTGTTTGGTCAGGACGCCTGGCTGCCTGCTGAAAATCTTGATCTGATTCGTGAATAACGCGTTGCCTTTAAAGGACCGCTGACCACTCCGTTTGATGGCg < 2:385437/147‑1 (MQ=255) gCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCg > 2:639442/1‑149 (MQ=255) gCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGCGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCg < 1:131562/149‑1 (MQ=255) tAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCGCACAGTTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGGCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGtt > 2:812355/1‑148 (MQ=255) aaaaTCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCAACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTAt > 2:336658/1‑149 (MQ=255) aaTCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGGCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTc < 2:902049/149‑1 (MQ=255) aTCTCCGGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCg < 2:395249/149‑1 (MQ=255) tcCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGctc > 1:596823/1‑149 (MQ=255) cTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGctctc > 2:714148/1‑149 (MQ=255) tggatggaAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGctctct > 1:1069892/1‑149 (MQ=255) tggaAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAAc < 1:513757/149‑1 (MQ=255) tggaAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAAc < 2:81663/149‑1 (MQ=255) ggaAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACg > 1:974537/1‑149 (MQ=255) gaAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGCTCTGATTCGTGAATACCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGt > 2:577258/1‑149 (MQ=255) aaTTTACTCCGGTGAAATCTCCTCACATGTTTATGGTCAGGACTGCTGGCTGACTGCTGTAAGTCTTGATCTGATTCGTTAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCTCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTg < 1:672843/149‑1 (MQ=255) aTTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGc < 2:235456/149‑1 (MQ=255) 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ggCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGt < 2:1069892/149‑1 (MQ=255) ggCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGt > 1:47792/1‑149 (MQ=255) ggCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGGTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGt < 2:398490/149‑1 (MQ=255) gCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGtt > 1:66392/1‑149 (MQ=255) gCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGtt < 1:581417/149‑1 (MQ=255) cctgcTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTa > 1:605795/1‑149 (MQ=255) tgctgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATc > 1:1110513/1‑149 (MQ=255) tgAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGATACTATCAgg < 2:331732/149‑1 (MQ=255) gAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAggg > 1:748593/1‑149 (MQ=255) gAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATAACGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAggg < 1:577258/149‑1 (MQ=255) 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tCGTGAATATCGCGTGGCCATTAAAGGACCGCGGACCACTCCGGTGGATGGCGGTATTCGCTCTCTGATCGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTa < 1:639442/149‑1 (MQ=255) gTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTaaa < 1:653677/149‑1 (MQ=255) aaTATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTAGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAacac < 2:851131/149‑1 (MQ=255) cgTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAAc > 1:933899/1‑149 (MQ=255) aTTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAACTGACCGa > 2:1242324/1‑149 (MQ=255) 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aCTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCTGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTTTCAGGGCGCTCCAAGCCCGGTTAAACCCCCTGATCTGACCGCTATGGTTATCTTCCGTGa > 2:384961/1‑149 (MQ=255) aCTCCGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGa > 2:469342/1‑149 (MQ=255) ccGGTTGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCATGCGCCATGTACTGGATATCTACATCTGCCTGCGTCCGTTACGTTACTATGAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGaaaa < 1:1096707/149‑1 (MQ=255) ttGATGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGAAAACTCg < 1:336658/149‑1 (MQ=255) | CGAGCGTAAAATCTCCTGGATGGAAATTTACACCGGTGAAAAATCCACACAGGTTTATGGTCAGGACGTCTGGCTGCCTGCTGAAACTCTTGATCTGATTCGTGAATATCGCGTTGCCATTAAAGGTCCGCTGACCACTCCGGTTGGTGGCGGTATTCGCTCTCTGAACGTTGCCCTGCGCCAGGAACTGGATCTCTACATCTGCCTGCGTCCGGTACGTTACTATCAGGGCACTCCAAGCCCGGTTAAACACCCTGAACTGACCGATATGGTTATCTTCCGTGAAAACTCG > NC_000913_3_hsa_pgi/1195299‑1195590 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |