| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 437880 | 279 (0.190) | 517 (0.290) +ATAT |
136/186 | 7.2 | 57.2% | intergenic (‑184/+238) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | 437881 = | 438 (0.240) | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 657 total aligned reads displayed.
GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/437754‑437880‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA > CP016816/437881‑438007 |||||| GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAACCCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑A > 2:2553455/1‑128GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑A > 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TTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATAT > 2:528893/1‑128 atTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACATCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATA > 1:499834/3‑128 TATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGATTTAATG‑‑ATATATA > 2:2748560/1‑128 tTTTTAGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGATATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑AGATAaaa > 2:3717032/2‑125 TTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATA > 1:566530/1‑128 TTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAAGCAAAGCAAAAACATACATATTACATATAGAGTTAATG‑‑ATATATATAT > 1:1113727/1‑128 actacaaaaaTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATA > 2:1112949/11‑128 TTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGTAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTAACTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATA > 1:2099008/1‑128 ctacaaaaaTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATAT > 2:2820371/10‑128 GTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATAT < 2:1943065/128‑1 GTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATAT > 2:438535/1‑128 GTTGTAATTTTCTTTTTTAATAAATATTATAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAATCAAATCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATA < 2:1382906/128‑1 tttttAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGTAAATTAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATAT < 1:452023/123‑1 TTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATAT > 2:855383/1‑128 GTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATAT > 2:3394401/1‑128 GTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATAT > 1:1000692/1‑128 AAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATAT < 1:528893/128‑1 agatatATTTTTAATAAATATTATAAATAAAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTAGTAAATGAAGAAAAGCAAAAACATCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATg < 2:1752951/122‑2 tTTTTATTTTTAATAAATATTATATATAAAAATTGTTTTTTTAAAAAAAATATTTTATGAAATGAAGAAAATAAAAAACCTCTATATTAACTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATAT < 2:239005/127‑1 GTTTCATTTTTAATATATATTATAAATAAAAATTTTATTTATAAAATAAATATTTTATTAAATTAAGCAAAGAAAAAACCTCCATATAAACTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATAT < 2:1879913/128‑1 GTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATAT > 2:2899308/1‑128 TTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAACCCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATAAATATAAATATATATATATA > 2:1997747/1‑128 TTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATAT > 1:2858498/1‑128 taATTTTTATTAAATATTATAAATAAAAATATTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAATTAAGCAAATCAAAAAACTCCATATTAACTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATA < 1:227337/126‑1 TTTTTAATAAATATTATATATATAAATTTTATTTTTAAAATAAATATTTTATGAAATGAAGAAAAGCAAAAAACTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATAT < 2:3940419/128‑1 TTTTTATAAATATTATAAATAAAAATTGTTTTTTTAATATAAATATTTTATTAAATTAATC‑AAGCAAAAACCTCCATATAACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATgc < 2:543336/128‑3 TTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGATAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATAaaa > 2:3910294/1‑125 TTAATAAATATTAGAAAAAAAAATTGTATTTTTAAAATAAAAATTTTATGAAAACAACCAAACCAAAAACATCCATATTACCTATAGAGATAAAG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATa < 1:2214339/128‑2 TAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGCACCAAAGCAAAAACATCCATATTAACTATATAGATAATT‑‑ATATATATATATATATAAATATATATATAaaaaa > 1:2726411/1‑123 TAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATGa > 1:786495/1‑127 AATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATgatagagat > 1:3856569/1‑119 AATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATtcaag > 1:3358148/1‑123 TAAATATTATAAATATAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAAAGAATCAAAGAAAAAAACTCCATATTAACTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATgcaagcg < 2:1606574/128‑8 TAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTATTAAATTAATCAAATCAAAAAACTCCATATTAAATATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAG < 2:3089217/128‑1 TAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATtatatcg > 2:628141/1‑121 AATATTATAAATAAAAATTTTTTTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATCAAGCATAGCAAAAACATCCATATTAAATATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGAT < 2:246698/128‑1 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attagaTATATAGTTAATGATATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTAT < 1:3702363/122‑1 taaCTATAGAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAG < 2:1488368/125‑1 CCTATAGAGTTAATGATATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCTCTCAGCATAAAATGTTGAAATTTATATCTGAGTTGCTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTATATAAAG > 1:2052246/1‑128 CCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAA < 1:2899308/128‑1 TAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTATATCTGAGTTTGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATTTTTTATAAATTTAATAAT > 2:91032/1‑128 TAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAAT < 1:3246483/128‑1 AGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGAATAAAATGTTGAAATTTATATCTGAGTTGGTATTAAATTTTTAGTTTTTATATATAGTTTATAAAGTTAATAATT > 1:2549283/1‑128 GAGTTAATG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAAT < 1:1443419/128‑1 GAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTT < 2:3840284/128‑1 ttaatgatATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATTGTGATATTTATATCTGAGTTTGTATTAAATTTTTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATT > 1:1902019/9‑128 tatTG‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAG < 2:1009062/125‑1 gagataatgATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTT < 1:1325936/119‑1 atTATATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATGAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTT < 1:1815922/126‑1 TATATATATATATATTTATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA < 1:1505337/128‑1 |||||| GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP016816/437754‑437880‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAA > CP016816/437881‑438007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |