| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 165,218 | A→T | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665 → / → JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 165,218 | 0 | A | T | 97.8% | 6171.9 / 0.7 | 2103 | intergenic (+182/‑360) | JCVSYN2_00665/JCVSYN2_00670 | tRNA N6‑adenosine(37)‑N6‑threonylcarbamoyltransferase complex dimerization subunit TsaB/tRNA‑Ser |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (7/40); new base T (1290/766); total (1297/806) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2167 total aligned reads displayed.
TTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTA > CP016816/165093‑165347 | tttACTTTAATTGAATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTtaa < 1:3609027/128‑1 (MQ=255) cTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTAATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTaaaaaa < 2:4161988/128‑1 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaat < 2:3791183/128‑1 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaat > 1:3006386/1‑128 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaat > 1:3864977/1‑128 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaat > 2:4055158/1‑128 (MQ=255) tttAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaat > 1:1724391/1‑128 (MQ=255) aTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaattaat < 2:1018780/128‑1 (MQ=255) aTTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTATAAAAaattaat > 1:2169328/1‑128 (MQ=255) ttGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAaattaatt > 1:5188143/1‑128 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAAttt < 1:3682930/128‑1 (MQ=255) tGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAAttt < 2:5500674/128‑1 (MQ=255) tGTAATACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAAttt < 2:2580167/128‑1 (MQ=255) gtttttatttactAGTTGATAATATTTTTTTTAATTAATTTTTAGCACATGTTTTAATTTGTAATAAAAAAAAAATAATATCTTATTTTATATTATTTTTTTATTCAAATTTTTATAAAATTAAtttt > 2:1455922/8‑127 (MQ=255) tATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATTCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGa > 1:738849/1‑128 (MQ=255) tATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAAtttaa > 1:2649057/1‑126 (MQ=255) tATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGa < 2:5022266/128‑1 (MQ=255) aTTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGaa > 1:4261198/1‑128 (MQ=255) ctttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATAGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTg < 1:503751/128‑1 (MQ=255) ttactAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTa > 2:3351728/1‑128 (MQ=255) actAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTATaaa > 2:1915052/1‑128 (MQ=255) ctAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTaaaa < 2:3004002/128‑1 (MQ=255) ttGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAAATAATTTGAACTTTTAAAAAATa > 1:3985028/1‑128 (MQ=255) gATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTAGTAAAAAATAGc > 2:594992/1‑128 (MQ=255) taataTTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtt > 2:27399/1‑128 (MQ=255) aataTTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTATTTGTATATGCTAATTTTTAATAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttt > 2:2186300/1‑128 (MQ=255) atatTTATTTTAATTAATTTATCGCACTTGTATGTATTATTAATAAACTAAAACTATTATCTTTTTATATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAAAAGCtttt < 1:486607/128‑1 (MQ=255) atatTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttt > 1:5265152/1‑128 (MQ=255) atatTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttt > 1:4437422/1‑128 (MQ=255) atatTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttt > 2:323927/1‑128 (MQ=255) atatTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttt > 2:3912684/1‑128 (MQ=255) tatttataatCATTAATTTAACGCAATTGGATGAATTAGTAAGAAACTAAAACAATAATCTTTTTAGAAATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACATGTAAAAAATAGCttttt < 1:2482971/119‑1 (MQ=255) tttAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttt > 1:154406/1‑128 (MQ=255) gTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttt > 2:4392734/1‑128 (MQ=255) gTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttt > 1:3192681/1‑128 (MQ=255) tttCATTAATTTATCGCACTTGTATGAA‑TAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtattttttttttt > 2:4487181/1‑128 (MQ=255) aTTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttttt > 1:4525663/1‑128 (MQ=255) aTTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCtttttttttttttttt > 1:5094172/1‑128 (MQ=255) ttAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTATTTTTAACTTGTAAAAAATATAttttttttttttttttt > 2:1121618/1‑128 (MQ=255) ttAATTTATAGTAATTGTATTAATTATTAATAAAATAAAACTATTATATTTTTATTTATTTTTTTTATATTCAAATTTTTAAAAAATTAAATTGAAATTTTAAAAAATAGCttttttttttttttata < 1:1608976/128‑4 (MQ=255) tttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttattttttttttttaataat > 1:1335185/1‑122 (MQ=255) ttATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCttttttttttttttttttatat > 2:4940222/1‑124 (MQ=255) tATCGCAATTGTATTAATTAGTAATAAAATAAAACTATTATTTTTTTATATATTTTTTTTATATGAAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTTTAAAAAATATCttttttttttttttttataatgg < 2:4263413/128‑8 (MQ=255) cGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAATTTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTATAAAATATCtatttttttttttatttaaatttata > 1:2726619/1‑119 (MQ=255) cTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTtataatttaaatat > 1:665889/1‑118 (MQ=255) cTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTtataatttaaaaat > 1:849746/1‑118 (MQ=255) ttGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT‑TAATGTAAatat > 1:4783386/1‑128 (MQ=255) tGTATTAATTAGTAATAAAATAAAAATATTATATTTTTAGATATTTTTTTTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTGTAAAAAATA‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATaa < 1:1010645/128‑1 (MQ=255) tGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTtataatgtaattaaaa > 1:3090473/1‑116 (MQ=255) ttttttatttataataaAATAAAAATAATTTTTTTTTTTATATTTTTTTTATATTCAAATTTTTAAAAAATTTATTTGTACTTTTAAAAAATTGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATaaa < 2:313061/117‑1 (MQ=255) tATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATaaaa > 1:1985534/1‑128 (MQ=255) tATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATGTAAATATaaa > 1:22814/1‑128 (MQ=255) tttatatAGTAAAAAACAAAAACTATTAACTTTTTATATTTTTTTTGTATAAGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGTACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAAtt < 1:2837870/122‑1 (MQ=255) aTTAGTAAGAAACTAAAACCATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTAAATATAAAtttt > 1:1813809/1‑128 (MQ=255) tactaataaAATAAAACATTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTTTTAAAAAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAg < 1:2926161/125‑1 (MQ=255) tAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTGAAATTTATATTTTAgtt > 2:1984883/1‑126 (MQ=255) atttatataataaaaataATATCTTTTTTTTTATTTTTTTTATTTTTAAATTTTTTAAATATTAATTTTAATTTTTTAAAAAT‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGt < 1:2091019/118‑1 (MQ=255) attatctaattaaaacttTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTTAATTTTTAAAAAT‑‑TTGTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTa < 2:5095935/118‑1 (MQ=255) aGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATAATAATTTTTGGt > 2:1569237/1‑128 (MQ=255) aGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATATAAATtatatttat > 1:2557270/1‑123 (MQ=255) ttaatataaaaaaaataTTATATTTTTATTTTTTTTTTTTTTTATTAAATTTTTTAAAAATTAATTTTTAATTTTAAAAAAAA‑‑TCCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTAt < 1:4177269/118‑1 (MQ=255) agaaataacaaaaaataTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTTTATTCAAATTTTTAAAAAAATAATTTTTACTTGTAAAAAATAG‑GGTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTa < 1:4683219/122‑1 (MQ=255) aattaaataaaactaTTTTTTTTTTATTTATTATTTGTATTTTTAAATTTTTAAAAATTTATTTTGAACTTTTAAAAAAT‑‑TTCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTAttt < 2:3657156/121‑1 (MQ=255) gAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATATAAATTTTATTTAttttt > 1:1430376/1‑127 (MQ=255) gAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAAATTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATTTAAAAATAAATTTTATATAttt > 1:4098172/1‑128 (MQ=255) actaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT‑TAATGGAAATATAAATTTTAGTTATtttttt > 2:5261477/1‑128 (MQ=255) actaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATTATTTAAATATAAATTTTAGTTATtttttt > 2:3542043/1‑128 (MQ=255) ctaaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATTAAAATTTTatttttttttttt > 2:3436987/1‑116 (MQ=255) taaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAATTAAAAATTTTAGGTATTTTTTTTTc > 2:2408230/1‑128 (MQ=255) aaaaaataTTATTTTTTTATTTATTTTTTGTATATGAAAAATTTTAAAAAATTAATTCGAACTTTTAAAAAATA‑‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTa < 1:3283400/127‑1 (MQ=255) aaaactaTTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTGAAAAAAAAATTTTAGGTATTTtgttgta > 1:4610362/1‑127 (MQ=255) attatatCTTTTTTTTTATTTTTTTTTTATTCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAACTTGTAAAAAA‑AATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAg < 2:5375580/124‑1 (MQ=255) tattatCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATATTGTAAATTAAAATTTTTGTTATTTTTTTGTATaatt > 2:4714589/1‑126 (MQ=255) atttttttttttTATATTTTTTGTTTTTTCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTTTAAAAAATA‑‑‑TATTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATc < 1:5481616/122‑1 (MQ=255) attatCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATATAAATTTTAGTTATTTTTTTGtatatttat > 1:952312/1‑123 (MQ=255) tCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT‑T‑AGGGAAATATAATTTTTAGTTTTTTTTTTGTATaattttatta > 2:1818980/1‑120 (MQ=255) tttttA‑ATTTTTTTTTTATATGTAAATTTTTAAAAAAATAATTTTAAATTTTAAAAAAAA‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTaaaaaa < 1:4359052/128‑1 (MQ=255) ttttAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATATAAATCTTAGTTATTTTGTTTTATAATTTTATaaaaa > 2:2485883/1‑128 (MQ=255) tttttatatTTTTTTTATATTCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAAATTTTAAAAAATA‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTaaaaaaa < 1:5351281/123‑1 (MQ=255) ttAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTAACTTGTAAAAAATAG‑‑ATTTTTTTTTTTTTTTTAAAAATTTAAATATAAATTTTAATTATTTTTTTTTAAAAATATATaaaaaaa > 1:3513333/1‑128 (MQ=255) ttAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATATAAATTTTATGTATTTTGTTTTATAAGTATATaaaaaaa > 1:1251117/1‑128 (MQ=255) ttAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATATAAATTTTAGTTATTTTTTTTTATAATTATATAAAAAAAt > 1:3770391/1‑128 (MQ=255) tatatTTTTTGTTTATGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTTTACTTGTAAAAAATA‑‑‑TATTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGa < 2:4587706/127‑1 (MQ=255) gttatTTTTTGTATTTGTAAATTTTTAAAAAATTAAATTTAAATTTTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAg < 2:1682162/126‑1 (MQ=255) tttttattttaaaaTTTTTTAAAAATTAATTTTTAATTTTAAAAAATA‑‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGaaa < 1:49663/117‑1 (MQ=255) ttttttttttaaaTTTTTTAAAAATTTATTTTAAATTTTAAAAAATA‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGaaa < 1:1170461/118‑1 (MQ=255) ttttataTTTAAATTTTTAAAAAATTTATTTTAAATTTTAAAAAATA‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGaaa < 2:816482/125‑1 (MQ=255) ttattaaaatttttATAAAATTTAATTTTAATTTTTAAAAAA‑A‑‑TATTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAat < 2:679269/118‑1 (MQ=255) tataTGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTATATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTTTTGTATAATTTTATAAAAAAATATAAATGAAAAAata > 1:1911767/1‑128 (MQ=255) tttttaaaTTTTTAAAAAATTAATTTTTACTTTTTAAAAATA‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAat < 1:109808/123‑1 (MQ=255) atGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATATAAATTTTAGTATTTTTTTTGTATATTTATATAAAAAAATAGAAATGAAAAAAtttttt > 2:2303037/1‑126 (MQ=255) tGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATTTATATTTTAAGAATTTTTTTTTAAAATATTATAAAAAAATAaaaaaaaaaaaaatt > 2:1274082/1‑125 (MQ=255) tGCAAATTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATA‑‑TCTTTTTTTTTTTTTTTTTATTATGAAAAAATAAATTTTATTTATTTTTTTTTATAATTATATAAAAAAAAATAAATGAAAAAATAtt > 2:1346188/1‑128 (MQ=255) aaaTTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTAAAATGTAAATATAAATTTTAGTAATTTTTTTTTGAATTTATATAAAAAAATATAAAGTaaaaaaatttttt > 1:2348487/1‑121 (MQ=255) aaaTTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTAAAATGTAAAAAAAAATTTAATTTATTTTTTTGTATAATTAAAAAAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAATTTTTa > 2:904335/1‑128 (MQ=255) aaaTTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑‑‑TTTTTTTTTTTTTTTATAATGTAAATATAAATTTTAGGTATTTTTTTTTATAATTATATAAAAAAATAGAAAGTAAAAAAAATTTTTaa > 2:2093559/1‑128 (MQ=255) aTTTTTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGGTGTCTAATTATCTAAAAAAATAGAAAGTAAAAAATATTGTaaa > 2:2881606/1‑128 (MQ=255) ttttTAAAAAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATTTAAATATAATTTTTAGTTATTTTTTTTTATAATTATATAAAAAAATATAAAGTAAAAAATTTTTTTaaa > 1:3411771/1‑128 (MQ=255) ttttAAAA‑AATTTATTTGAAATTTTAAAAAATAGC‑‑TTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTaaaa < 2:4820999/128‑1 (MQ=255) ttttAAAA‑AATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTT‑TAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTATGTATCTAAAAAAATATAAAGTAAAAAATATTTTTaaa > 1:558215/1‑128 (MQ=255) | TTTACTTTAATTGTATTACTTTACTAGTTGATAATATTTAGTTTCATTAATTTATCGCACTTGTATGAATTAGTAAGAAACTAAAACTATTATCTTTTTAGATATTTTTTGTATATGCAAATTTTAAAAGAATTAATTTGAACTTGTAAAAAATAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAATGGAAATATAAATTTTAGGTATTTTGTTGTCTAAGTATCTAAAAAAATAGAAAGGAAAAAATATTGTTAAAAGTA > CP016816/165093‑165347 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |