| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 516,356 | G→A | intergenic (+187/+319) | JCVSYN2_02375 → / ← JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 516,356 | 0 | G | A | 99.6% | 9867.6 / 13.2 | 3088 | intergenic (+187/+319) | JCVSYN2_02375/JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base A (1388/1677); minor base . (5/6); total (1398/1690) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 3235 total aligned reads displayed.
AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA > CP016816/516232‑516477 | aataaaAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGTGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAATTTTTAATAaaaa > 1:4680179/1‑128 (MQ=255) taaaAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaa < 1:5226003/128‑1 (MQ=255) acaaaaCACAAAAAATATTTTTAAAAAATCAGTTATTAAAAGATTCGAAACAAAGCTTATTTTAAGCGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATATTAATAaaaaaa < 2:6395672/126‑1 (MQ=255) aaaaaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaac < 1:2287390/128‑2 (MQ=255) aaaaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTTTTTAAATTTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATATaaaaaaa > 2:4788029/1‑126 (MQ=255) aaaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAacat < 1:6335215/128‑1 (MQ=255) aaaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAacat > 2:4205857/1‑128 (MQ=255) aaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAtt > 2:723430/1‑128 (MQ=255) aaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAtt < 2:3786276/128‑1 (MQ=255) aaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAtt < 1:2376996/128‑1 (MQ=255) aCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAttt < 1:5635420/128‑1 (MQ=255) aTAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAATAAAAGATTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTa < 1:2862609/128‑1 (MQ=255) aaTATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAATGTATTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAt < 1:6827597/128‑1 (MQ=255) aaTATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTa < 2:3225746/127‑1 (MQ=255) atatatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAtt > 1:4559699/1‑128 (MQ=255) tatatTTTTTAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAttt > 2:4461068/1‑128 (MQ=255) tatatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAttt > 2:2304278/1‑128 (MQ=255) tatatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAAAATTTTAGTAttt > 1:5732666/1‑128 (MQ=255) atatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTg > 1:2978618/1‑128 (MQ=255) tatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGc > 1:922029/1‑128 (MQ=255) atttgaaaaaaaTATGTTTTTATAAGATTAGAAAAACAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCa < 2:6019823/122‑1 (MQ=255) atTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCa > 2:6520140/1‑128 (MQ=255) atTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCa < 2:3330317/128‑1 (MQ=255) tttttAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCaa < 1:791729/128‑1 (MQ=255) tttttAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCaa > 2:154729/1‑128 (MQ=255) tttAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAAtt < 2:5140274/128‑1 (MQ=255) tAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCaataat > 2:1172814/1‑128 (MQ=255) aaaaaaTATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATtata > 2:5040669/1‑128 (MQ=255) aaaaaTATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATATAAAATTTTGTTCTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTaaaa > 2:2036833/1‑128 (MQ=255) aaaaTATGAGTTTATAAGATTTGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaa < 2:874515/128‑1 (MQ=255) atatGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGATTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGAAATTATaaaaaa > 2:4574657/1‑128 (MQ=255) atGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaaaa < 2:2997507/125‑1 (MQ=255) tGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGTCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTTCATTTATATAAAAGtt > 1:11384/1‑128 (MQ=255) tGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGtt > 1:1939383/1‑128 (MQ=255) gTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGAAATTATAATAAAGttt > 2:2505812/1‑128 (MQ=255) tttttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTa > 1:4427975/1‑128 (MQ=255) ttttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTAt > 2:107835/1‑128 (MQ=255) tttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACTTTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATg < 1:2490100/128‑1 (MQ=255) ttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGa > 2:2164998/1‑128 (MQ=255) ataAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGata > 1:4125342/1‑128 (MQ=255) ataAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGata < 1:3212199/128‑1 (MQ=255) aGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAAAATTTTAGTATTTTCAATTATAAAAAATTATATGataata > 2:3945415/1‑128 (MQ=255) aGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGCGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATATTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataata < 1:6702477/128‑1 (MQ=255) gATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAatat > 1:364645/1‑128 (MQ=255) gAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaa < 1:3759799/105‑1 (MQ=255) gAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTa > 2:1435041/1‑128 (MQ=255) gAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATATTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTa > 2:4319118/1‑128 (MQ=255) aaaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTAt < 1:1008127/128‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTAt > 1:1430073/1‑128 (MQ=255) aaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTAtt < 2:5219474/128‑1 (MQ=255) aaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTa > 2:2426471/1‑128 (MQ=255) aacaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTaa < 2:531937/125‑1 (MQ=255) aatcTTATTTTAAGGTATTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAata < 1:647146/125‑1 (MQ=255) aaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAata < 2:5554294/128‑1 (MQ=255) aGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAatat < 1:2761389/128‑1 (MQ=255) aGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATATTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAatat > 1:5344852/1‑128 (MQ=255) cTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAg > 1:3469241/1‑128 (MQ=255) cTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAg > 2:2603334/1‑128 (MQ=255) aTTTTAAGGGATTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAAt < 2:3435366/128‑1 (MQ=255) tttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATaa > 1:1673771/1‑128 (MQ=255) ttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATaaa > 2:4055462/1‑128 (MQ=255) ttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATaaa < 1:1556857/128‑1 (MQ=255) gtgCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAaacaac > 2:5930161/3‑128 (MQ=255) tttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaa < 1:3101755/82‑1 (MQ=255) tttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaa < 1:6212168/128‑1 (MQ=255) tttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaa > 1:5979754/1‑128 (MQ=255) ttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaa < 2:5439826/128‑1 (MQ=255) tttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaaa < 2:2886568/128‑1 (MQ=255) tttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaaa < 2:1817929/128‑1 (MQ=255) ttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAag < 1:4029198/128‑1 (MQ=255) aaaGTTTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAATAAAACATTTTAGGATTTGCAATTATAAAAAAGTTTTAGATTATATTCCTTTTATTATAGTATAAACTACTAGTAAagag > 2:3557551/1‑128 (MQ=255) gATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGaag < 2:6773370/128‑2 (MQ=255) attTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAAtatt > 2:5671080/1‑128 (MQ=255) tttAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAATAGAAAtatta > 2:6133328/1‑128 (MQ=255) tttAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAAtatta > 2:3104297/1‑128 (MQ=255) tAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATattatt > 2:5795998/1‑128 (MQ=255) tAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATattatt < 1:5081832/128‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTAt < 1:4325053/128‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTAt < 2:1946587/128‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTAt < 1:3328840/128‑1 (MQ=255) ttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGa < 2:3693910/128‑1 (MQ=255) tttatttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCg > 1:1838930/1‑128 (MQ=255) ttatttttaATTAATATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGa < 1:125420/128‑1 (MQ=255) tatttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaa < 2:4692793/128‑1 (MQ=255) atttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaat < 2:662789/128‑1 (MQ=255) atttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaat < 1:4962812/128‑1 (MQ=255) tttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGATTAAACAACTAGAAAAGAGAAAGATTAATAGGAGGATAGCGacta > 2:4908755/1‑125 (MQ=255) tttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatt > 1:2042192/1‑128 (MQ=255) tttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatt > 1:6578649/1‑128 (MQ=255) tttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGAAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatt < 1:6084905/128‑1 (MQ=255) ttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatta < 2:273489/128‑1 (MQ=255) ttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatta < 2:1304086/128‑1 (MQ=255) tttaATTAAAATTTTAATATAAAATCATTTTAGTATTTGAAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATATACATCTAGAAAAGAGAAATATTTTTAGTATGATAGCTaattaa < 1:5498610/128‑1 (MQ=255) tttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaattaa < 2:1698869/128‑1 (MQ=255) tttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaattaa < 1:4813897/128‑1 (MQ=255) attaaAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAAtttt < 1:217943/128‑1 (MQ=255) ttaaAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAAttttt < 1:5868904/128‑1 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAat < 2:624381/128‑1 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAat < 1:392053/128‑1 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAat < 1:2669227/128‑1 (MQ=255) | AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA > CP016816/516232‑516477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |