| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 311149 = | 390 (0.180) | 539 (0.300) | 88/216 | 28.5 | 64.1% | intergenic (‑72/‑242) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| ? | CP016816 | = 311156 | 269 (0.150) | intergenic (‑79/‑235) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 792 total aligned reads displayed.
TTTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/311293‑311149‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatatatatatatatataTATATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTATTACA < CP016816/311156‑311030 TTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATATATA > 1:101909/1‑128 TTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATATATA > 2:3283505/1‑128 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ATATATTTATATAATGAATGTATGTTATATATTTTTTGAATAGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTAT < 2:1702439/128‑1 ATATATATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTATTA > 2:1195473/1‑128 TTTTTCAAATTACTTTTTTAAATAAAAATAGATTTTATTAGTAAATAAGTAGTATATTTACTATTTTTTTACTTTATAAACGGTTGCTATTATACCATATTTTCATTTACATATTGCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/311293‑311149‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tatatatatatatatataTATATATAATGAATGTATGTTATATATGTTTTGAATCGTATGTAACAAGTATTTTATTTTTTAATAAGGGGTGTGTAAAATGAAAAAGTTAATTACAATTTTAAGTTCATTTGGATTAGTTATTACA < CP016816/311156‑311030 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |