Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA CP016816 87,917 (T)15→14 intergenic (+44/‑816) JCVSYN2_00345 → / → JCVSYN2_00350 hypothetical protein/50S ribosomal protein L31

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP01681687,9030T.91.5% 1160.8 / 136.5 362intergenic (+30/‑830)JCVSYN2_00345/JCVSYN2_00350hypothetical protein/50S ribosomal protein L31
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (15/14);  new base . (136/175);  total (153/209)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.39e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 480 total aligned reads displayed.

TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATT  >  CP016816/87776‑88026
                                                                                                                               |                                                                                                                           
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     aaCAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGTATTATTAAACAATAAAttattt                                                                                                                        >  2:792898/1‑128 (MQ=255)
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        aacaGTGGGTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTTATAAAAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAAAATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttt                                                                                                                     <  1:277900/125‑1 (MQ=255)
            gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                 >  2:327135/1‑128 (MQ=255)
            gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                 >  2:2693839/1‑128 (MQ=255)
            gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttt                                                                                                                 >  1:794167/1‑128 (MQ=255)
            gTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttattttt                                                                                                                 >  1:1869008/1‑128 (MQ=255)
             tGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttta                                                                                                                <  1:3787960/128‑2 (MQ=255)
             tGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAttttttttttttta                                                                                                                >  1:4554885/1‑127 (MQ=255)
               gTTATTTTGTTGCAAGTAAATTTAAAATTGATAATAAAATTTATATTCATGGAAAGTCAAATTAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaat                                                                                                              <  1:3966219/128‑4 (MQ=255)
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                ttATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaata                                                                                                             >  2:4276596/1‑124 (MQ=255)
                ctaatGAGTTGCAACTATACTTCAAATATATAAATAATTTTATATTCATGTAAATTCAAATGATATTTTATATTTTTAAAATCTGATTTAAATGGAATATTAAACAATCCAtttttttttttttaata                                                                                                             <  2:1494452/124‑5 (MQ=255)
                 tATTGAGTTGCAAGTTAAGTTTAAATTGTTAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                            <  2:2496928/128‑6 (MQ=255)
                 tATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                            >  2:4211948/1‑123 (MQ=255)
                 tATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                            <  2:1833638/128‑6 (MQ=255)
                 tATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAAATGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                            <  2:3895066/128‑6 (MQ=255)
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                    tttgTTGCAAGTAAATTTTAAATTGATTATAAAAATTTTATTAATGGAAAGTAAAATGAATATTTAGATTTTGTATAGCTGTATTAAATTGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATaaaaa                                                                                                       <  1:3434561/125‑1 (MQ=255)
                    ttatttgaatatAAAGTTTAAATTTATATTAAAATTTATATTTATTTAAATTCAAATTAATATTTTGATTTTTAATATCTTTTTTTAATTGATTTTTAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTAATaaaa                                                                                                        <  1:372076/117‑1 (MQ=255)
                    tGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTGATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATATAAATGGATTATTAAAAAATACAtttttttttttttaaatataa                                                                                                         >  2:1420680/1‑120 (MQ=255)
                    tGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAATCAATCCAtttttttttttttaattaaaa                                                                                                         >  1:1103265/1‑120 (MQ=255)
                     ttgTTTCAAGTAAAGTTAAAATTTATAATAAATTTGTTATTAATGGAAATTAAAATGAATATTTTTATTTTTATTATCTTATTTAAATGTATTATTTAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAg                                                                                                      <  2:1099824/126‑1 (MQ=255)
                     ttgTTGCAATTAAAGTTCAAATTTATAATTAAATTTATATTTATGGAAAGTAAAATTTATTTTTTGTTTTTGAATAGCTTTTTTAAATGTATTATTAAACATTCAA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAg                                                                                                      <  1:3487491/126‑1 (MQ=255)
                     gAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTATTaaaaa                                                                                                       >  2:3478100/1‑128 (MQ=255)
                      aGTTTCAAGTAAAGTTCAAATTTATAATAAAATTGATATTCATGGTAAGTCAAATTTATATTTATATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGa                                                                                                     <  1:2941282/128‑1 (MQ=255)
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                         ttcAAGTAAATTTCTAATTGATTATAAAATTGATATTCATTGTAATTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATATCTGATTTAAATGGATTATTTAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTc                                                                                                  <  2:3872425/126‑1 (MQ=255)
                         ttaaattAAATTTAAAATTGATAATAAAATTGATATTTATTTAAAGTAAAATGAATTTTTATATTTTTAATATAAGAATTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTc                                                                                                  <  2:2163596/122‑1 (MQ=255)
                          tgaattAAAGTTCAAATTGATTATAAAATTGTTATTCATTGAAAGTAAAATTAATATTTATTTTTTGAATAGCTTTTTTAAATTGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTca                                                                                                 <  2:2043505/123‑1 (MQ=255)
                           cAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAATAcaca                                                                                                 >  1:4077873/1‑128 (MQ=255)
                           aaattAAATTTCAAATTTTTATTATAATTGATATTCATTGAAAGTACAATGAATATTTATTTTTTGAATAGCGGATTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcac                                                                                                <  1:1251578/124‑1 (MQ=255)
                            aattaaatgtttaaTTGATTATAAAATTTATATTAATTGAAAGTAAAATTAATATTTATTTTTTGAAAAGCTGATTTAAATGGTTTATTAAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcaca                                                                                               <  2:1718026/116‑1 (MQ=255)
                            aattaaatgtaaaaTTTTTAATAAAATTGATATTCATTGAAATTCAAATTAATATTTATTTTTTTAATATGTGATTTTAATGGTTTATTAAAAAATCCATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcac                                                                                                <  1:3582449/117‑1 (MQ=255)
                              gTAAATGTCAAATTGATAATAAAATTGATTTTTATGTAAATTCAAATGTATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATCAATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTcactt                                                                                              <  1:3312102/128‑3 (MQ=255)
                               tAAAGTTTAAATTGTTAATAAATTTGTTATTCATTGTAAGTAAAATTAATATTTAGATTTTGAATTGCTGATTTAAATGGATTATTAAAAAATCAA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACTTat                                                                                            <  1:3103420/128‑2 (MQ=255)
                                aaaTTTCAAATTTATAAAAAAATTTTTTTTAATTGTAATTAAAATTAAAATTTTTATTTTTAATACCTGATTTTAATTGTTTATTAAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAg                                                                                           <  1:1995639/128‑1 (MQ=255)
                                aaaGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCAATTTTTTTTTTTTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                             >  2:723937/1‑118 (MQ=255)
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                                      cAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTAAATAAAAAAAATCACATaatatact                                                                                      >  1:1215784/1‑122 (MQ=255)
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                                       aaaTTTATTATAAAATTGATATTAATTGCAAGTAAATTTTATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGTTTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAGGTGAGTCa                                                                                    <  1:2108720/128‑1 (MQ=255)
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                                           tgtaaataaAATTGAAATTCAAGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGCTTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAAtt                                                                                 <  2:879602/124‑1 (MQ=255)
                                             ttaataaAATTTTTATTCATTTAAAGTAAAATTAATTTTTATATTTTTAATAGTTGATTTAAATGTATTATTAAAAAATCCATTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTg                                                                                <  1:4441525/127‑1 (MQ=255)
                                              taatacAATTTATATTTATGGAAATTAATATTAATATTTATATTTAGAAAAGCTGATTTAAATTGTTTATTAAAAATTCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGa                                                                             <  2:4000132/128‑1 (MQ=255)
                                               aaaaaaaTTGTTATTCATGGAATTGAAAATTAATATTTAGATTTTTAATAGTGTATTTAATTGTTTTATTTACAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGTCTCACATAAGTGAGTCAATTGCGat                                                                            <  2:230332/125‑1 (MQ=255)
                                                atatAATTTATATTCATTGAAATTTAATTTAATATTTATTTTTTTTATAGCTTATTTTAATGGATATTTAAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGatt                                                                           <  1:3678744/128‑1 (MQ=255)
                                                      tttatatTAATTGATATTCAAATTAATTTTTATTTTTTTAATATATTATTTAAATTGATTAATAATAAAT‑‑ATATTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGAATCAAATAAGTTATTCAATTGCGATTATttaa                                                                     <  2:4534438/125‑1 (MQ=255)
                                                        tattttaaTGTAAAGTAAAATCAATATTTTTTTTTTTAAAATCTTATTTAAATTTATTTTTAAAACAAACATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaat                                                                    <  2:1878939/121‑1 (MQ=255)
                                                         tttttCATTGTAAGTCAAATTAAAATTTTTTTTTTGAATAGCTTATTTAAATTGATTATTAAAAAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaatta                                                                  <  1:1041761/125‑1 (MQ=255)
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                                                         atatTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCAtttttttttttttaataa                                                                                                            >  1:2387100/1‑83 (MQ=255)
                                                         atatTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAAAAAAAATAATTGAGTAAATTGCAATATTttaatt                                                                   >  2:536631/1‑128 (MQ=255)
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                                                          atctccaggAAAGTCAAATCCATATTTATCTTTTGAATAGCAGCTTTAAATGGATTAATAAACAAACCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATACGTGAGTCAATTGCGATTATttaattat                                                                 <  1:972189/121‑1 (MQ=255)
                                                           atTAATTGAAAGTAAAATGAATATTTATATTTTGAATATCTTATTTAAATTGATTTTTTAAAAATACA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATttaattatt                                                                <  1:2990915/128‑1 (MQ=255)
                                                             tCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCA‑‑TTTTTTTTTTTTTAATAAAAAAAAACAAATAATTTATAAAATTACAATTATtttattattaa                                                              >  1:4182444/1‑128 (MQ=255)
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                                                                                                                     taaaaaTACATTTTTTTTTTTTTTTATAAAAAGAATAACATAAGTGAGTTAATTGAGATTAATTAATTATTAATTATTCTTTTATGTACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAAATAATTACCTAata       <  2:1014647/124‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aaaCAATACATTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAata       <  2:3937828/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                           
TGTGTAACAAAAGTGGTTATTGAGTTGCAAGTAAAGTTCAAATTGATAATAAAATTGATATTCATGGAAAGTCAAATGAATATTTAGATTTTGAATAGCTGATTTAAATGGATTATTAAACAATCCATTTTTTTTTTTTTTTAATAAAAAGACTCACATAAGTGAGTCAATTGCGATTATTTAATTATTAATTATTCTTTGATGAACTATTTACCTTTCTTTAGGTAACTAATTAATTACCTAATATTATT  >  CP016816/87776‑88026

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: