| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 143769 | 1816 (1.230) | 67 (0.050) | 37/226 | 22.1 | 3.9% | intergenic (+28/‑134) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase |
| ? | CP016816 | = 143772 | 1632 (1.230) | intergenic (+31/‑131) | JCVSYN2_00565/JCVSYN2_00570 | acetate kinase/phosphoenolpyruvate‑‑protein phosphotransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1872 total aligned reads displayed.
ATAAATTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGTAATAAATTATTATAATTCAAATTGATTATAAAGTTGTTTTTTTATCTTAGTAGATTAAAATTAATAATAGTTATTTATTTTATAGTAAGGAT > CP016816/143641‑143896 | ataaa‑taaTTTCTAGTTTATTATCAAAAAATTCATTTTAATGTATTATTAAAAATGAATTAAAAATTTTTTTTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCtt < 1:1285216/128‑1 (MQ=255) taAATTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCtt < 1:2375950/128‑1 (MQ=255) aaaTTAATTTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTa < 1:476955/128‑1 (MQ=255) aattaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGAGTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaa < 1:1731079/128‑1 (MQ=255) attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATTGTTAAAAAACTTAGCTTaaa > 1:1823655/1‑128 (MQ=255) attaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCttttt < 1:38267/128‑4 (MQ=255) ttaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCttttta < 1:1947352/128‑5 (MQ=255) ttaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaaa < 2:1788466/128‑1 (MQ=255) ttaattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaaa < 1:224996/128‑1 (MQ=255) aattTCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAg > 2:2825147/1‑128 (MQ=255) tttCTAGTGAAGAATAAAATATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTATATAAAAGATATAATAGATAAAAAACTTAGCTAAAAAAgat > 2:2525826/1‑126 (MQ=255) ttCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTaaaaactta < 1:1229382/128‑5 (MQ=255) tCTATTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTaa < 2:2399958/128‑1 (MQ=255) tCTAGTGATGAATCAAAAATACGAGTTTTTGCTATTAGAAAAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTaa < 1:2473804/128‑1 (MQ=255) tCTAGTGAAGAATCAAAACTTCCAGTATATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTaa < 1:1682271/128‑1 (MQ=255) tCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTaa > 2:513844/1‑128 (MQ=255) tCTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTaa < 1:967857/128‑1 (MQ=255) cTAGTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAg < 1:1864502/128‑1 (MQ=255) gTGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGttt < 1:1456695/128‑1 (MQ=255) tGAAGAATCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGtttt < 1:2991831/128‑1 (MQ=255) aagaaTCAAAAATTCCAGTTTATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAATGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTATtta > 2:3189387/1‑128 (MQ=255) tcaaTAAAAAATTCAATTTAATGAAATAATAAAAAATTATTAAAAAATCATTTGTTAATATAATTTAAAATTAATTAAAAAAAACATA‑AAAACGTAAAAAACCTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTttaat < 2:60130/126‑1 (MQ=255) 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ttATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTATCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGta > 1:2909548/1‑128 (MQ=255) ttATGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGta > 2:2481616/1‑128 (MQ=255) aTGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTATTTAAATAAAAGATAAAATAGATAAAAAACATAGCTTAAAATGCTAAGTTTTTAAAAATTATAAAATAAAGtaat > 1:1578130/1‑128 (MQ=255) aTGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGtaat > 1:865652/1‑128 (MQ=255) aTGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCTTAAAAAGCTAAGTTTTTAATATTAATAAAAGAAAGtaat > 2:940305/1‑128 (MQ=255) aTGCTATTAGAACAAATGAAGAAAAAATGATTTGTTTAGATACTTTAAACTTAATTAAATAAAAGATATAATAGTTAAAAAACTTAGCATAAAAACCTAAGTTTTTAAAATAAATAAAAGAAATtaat > 1:2061955/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |