| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 408841 = | 1809 (1.220) | 52 (0.040) | 42/228 | 20.9 | 3.1% | intergenic (‑105/+23) | JCVSYN2_01790/JCVSYN2_01795 | adenylate kinase/preprotein translocase subunit SecY |
| ? | CP016816 | 408868 = | 1606 (1.200) | coding (1445/1449 nt) | JCVSYN2_01795 | preprotein translocase subunit SecY | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
CTATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/408979‑408841‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttttttatCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAACAGTTTGAATAGCAACTGAAATACAAA > CP016816/408868‑408994 CTATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAACACATCTCATATTTGATAAAAACGGCAATAT > 1:631381/1‑128CTATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCCTATTTGATAAAAAAGGCAATAT > 1:2723971/1‑128CTATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATAT < 1:2643646/128‑1CTATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATAT > 1:903174/1‑128 TATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATG < 1:2323433/128‑1 ATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTTAAAAGAAAAAAGAAAAATTCAATAATAATATTAATAAGAATAAAACATATCATATTTTATAAAAAAAGCAATATtc > 1:2834097/1‑126 ATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGC > 2:2470357/1‑128 ATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGC > 2:1126911/1‑128 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2:3181299/128‑1 GAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTAT > 1:1060673/1‑48 ATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGCCTATTTTATCAAATAAGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTC > 1:11009/1‑128 CATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTATCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTT > 2:220705/1‑128 TCATATTTGATAAAAACGGCAATATGCCTTTTTTATCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAA < 1:1851945/128‑1 GATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTATCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAA > 2:1543421/1‑128 ATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTATTAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAAC > 1:947470/1‑128 ATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTATCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAAC < 1:1780951/128‑1 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CTATTCAAACTGTTCAACAATTAAAAGGAAGAATTATTCAACAAAACTTCATTGAAAAGAAAAAAGAAAAATTCACTAATAATATTAATAAGAATAAAACATCTCATATTTGATAAAAAAGGCAATATGCCTTTTTTAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/408979‑408841‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tgccttttttatCAAATATGAGATGTTTTATTCTTATTAATATTATTAGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTTCAATGAAGTTTTGTTGAATAATTCTTCCTTTTAATTGTTGAACAGTTTGAATAGCAACTGAAATACAAA > CP016816/408868‑408994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |