| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | CP016816 | 117946 = | 5493 (1.130) | 208 (0.050) | 115/212 | 23.9 | 4.4% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 4520 (1.110) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1664 total aligned reads displayed.
TTTGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATTAATAATAATAATAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/118092‑117946‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taataataataataataataTTGTTGCTGTTTAAAATTTGTATTTTTATAAAAAAGCAATACCTTGAGGTATTGCTTATAAAATTATTTATTTAGTTTTTTATTTTTACTCTCGTACTCTTTTTTTCATTCTTCTCTTCAATTTCCT < CP016816/117942‑117816 TTTGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATT < 1:8179984/128‑1 TTGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATTA > 2:5061687/1‑128 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TATTGTTGCTGTTTAAAATTTGTATTTTTATAAAAAAGCAATACCTTGAGGTATTGCTTATAATATTATTTATTTAGATTTTTATTTTTACTCTCGTACTCTTTTTTTCATTCTTCTCTTCAATTTCC > 2:4701063/1‑128 TTTGTAGTTAAACCAAGTTGTTTAAATATAGTTTCAGCTTGTTGTTTTAAATCTTTATATTAAAACTCGTTTTTCATTTTAATCACCTAAAATAGGTATATCATATTAAATTTATATGCTTGATAATTAATAATAATAATAATAATA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/118092‑117946‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taataataataataataataTTGTTGCTGTTTAAAATTTGTATTTTTATAAAAAAGCAATACCTTGAGGTATTGCTTATAAAATTATTTATTTAGTTTTTTATTTTTACTCTCGTACTCTTTTTTTCATTCTTCTCTTCAATTTCCT < CP016816/117942‑117816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |