| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 117946 = | 3846 (1.160) | 284 (0.100) | 135/210 | 20.1 | 8.2% | intergenic (+67/+792) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 117942 | 3160 (1.140) | intergenic (+63/+796) | JCVSYN2_00460/JCVSYN2_00465 | ABC transporter substrate‑binding protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 4058 total aligned reads displayed.
AAGGAAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑TATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTT > CP016816/117815‑118069 | aGGAAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGATTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAa‑‑‑t > 2:2627759/1‑128 (MQ=255) ggAAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAa‑‑‑ta < 1:5451890/128‑1 (MQ=255) aaTTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tatta > 2:5198337/1‑128 (MQ=255) aTTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattat > 2:3600581/1‑128 (MQ=255) tGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGATAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAATATACAAATTTTAAACAGAAACAt‑‑‑tattatta > 2:3002665/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattatt > 1:5820473/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattatt > 2:2113002/1‑128 (MQ=255) aagagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTAATGCTTTTTTAAAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattatt > 2:251083/1‑128 (MQ=255) agagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattatta < 2:2002058/128‑1 (MQ=255) gagaagaATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAATTTTTAAACAGCAACAA‑‑‑tattattattat > 2:4533397/1‑128 (MQ=255) 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AAGGAAATTGAAGAGAAGAATGAAAAAAAGAGTACGAGAGTAAAAATAAAAAACTAAATAAATAATTTTATAAGCAATACCTCAAGGTATTGCTTTTTTATAAAAATACAAATTTTAAACAGCAACAA‑‑‑TATTATTATTATTATTATTATTAATTATCAAGCATATAAATTTAATATGATATACCTATTTTAGGTGATTAAAATGAAAAACGAGTTTTAATATAAAGATTTAAAACAACAAGCTGAAACTATATTT > CP016816/117815‑118069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |