Predicted mutation | ||||||
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RA | CP016816 | 484,795 | A→T | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220 ← / ← JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP016816 | 484,795 | 0 | A | T | 99.3% | 13552.1 / NA | 4378 | intergenic (‑104/+67) | JCVSYN2_02220/JCVSYN2_02225 | hypothetical protein/50S ribosomal protein L7/L12 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/3); new base T (2041/2306); total (2069/2309) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.11e-06 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 4505 total aligned reads displayed.
TTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484670‑484919 | aaaaaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACACGATTATATAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaac > 2:2669846/1‑127 (MQ=255) aaaTAGTCAACACTCAAAGATTTACTCCTTTTATCGTTGACCAAAAAATAAGATAGACCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAat‑ataaaaagc < 2:4721735/128‑3 (MQ=255) aaTAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTACACTACACTCGATTATTTAAGTATATTTTTTTTTTAT‑AGAAAAAGCa > 2:2195160/1‑128 (MQ=255) tAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAAt > 1:5315292/1‑128 (MQ=255) 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atatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCttt > 1:5716604/1‑128 (MQ=255) atatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCttt > 2:7012542/1‑128 (MQ=255) tatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTTTGGTGAGTTAAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTACTTTAGATTTc > 2:8822140/1‑128 (MQ=255) tatTTTTTTTTAAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTc > 2:3863162/1‑128 (MQ=255) ttttttaAT‑ATAAAAAGCAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATttc < 2:7211745/128‑1 (MQ=255) | TTAAAAAATAGTCAAAACTCATAGATTTAATCCTTTTATAGTTGACCAAAAAATAAGATAGAGCATAGCAGAAGCTCTTAACAACTAAACTACACTCGATTATTTAATTATATTTTTTTTTTAA‑AAAAAAAACAATTAAACACACAAAAACTCACCCATTATGGTGAGTTTAAAAATTATTCAAAAATTTGATTATTTTAAATCAATTGAAGCTCCAGCTTCAACTAATTTAGCTTTCATTTCTTCAGCT > CP016816/484670‑484919 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |