Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP016816 | 311,150 | 0 | A | . | 64.4% | 523.2 / inf | 549 | intergenic (‑73/‑241) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (143/51); new base . (205/146); total (348/201) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.92e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.16e-02 |
Only 100 of 693 total aligned reads displayed.
TACCAGTTGTAATAACTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAA > CP016816/311023‑311277 | tttGTAATAACTATTAAAAATTAAATTAAAATTTTAATAAAATTTTTCATTTTACAAACCACTTATTAAAAAATAAAATAATTTTTACATAGGATTAAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatat < 2:6992383/127‑1 (MQ=255) taataaCTAATCAAAATTAAATTAAATTTTTAATTTAATTTTTTATTTTAAACACACATTATAAAAAAATAAAATACTTTTTACATAATATTCTAAACATATATATCATATATTCAT‑‑tatatatatat < 2:664548/128‑1 (MQ=255) taaCTAATAGAAATCAACATAAAAATGTAATTAAATATTTAATTTTATACACACCATATTAAAAAATAAAAAACTTTTTACATACTATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatata < 1:9426172/128‑1 (MQ=255) atataatataaaTGAAATTTAAATTTTAATTAAATATTTAATTTTACACACACCTTATTAAAAAATAAAATAATTGTTACATACTATTCAAAAAATATATAACATACATTCAT‑‑tatatatatatatat < 2:3002387/119‑1 (MQ=255) 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TACCAGTTGTAATAACTAATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCAT‑‑TATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAA > CP016816/311023‑311277 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |