| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP016816 | 478,682 | 0 | C | T | 35.3% | 4960.0 / inf | 4354 | E320K (GAA→AAA) | JCVSYN2_02210 | DNA‑directed RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1328/1462); new base T (727/797); total (2069/2285) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 4436 total aligned reads displayed.
TTACCTTGAACTGGTTTTGGTTTTCTTTCATTATCAAATAGAGCATCAACAGCTTCTTGTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCTAATAATGATTCTTCTATATAAATCATTAATTTCAGAAGTAGTAAATCTACCACCATCTAATTGAATAATTGGACGAATGTCTGGTGGAATAACTGGAATTACTCTCATAACCATTCATTCA > CP016816/478555‑478809 | ttGAACTGGTTTTGGTTTTCTTTCATTATCAAATAGAGCATCAAAAGCTTATTGTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTc < 1:2858691/128‑1 (MQ=255) ttGAACTGGTGTTCGATTTCTTTCATTATCAAATATATCATCCACAGCTTCTTGTAAAATACTTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTTATTTc < 2:6481558/128‑1 (MQ=255) tGAACTTGTTTTGGTTTTCTTTCATTATTAAATAGAGCATCAACAGCTTCTTGTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTAACTTTTTTTAATCTTTCATTTCt < 2:5752047/128‑1 (MQ=255) aaCTGTTTTTGGTTTTCTTTCATTATCAAATAGATCATCAACAGCTTCTTGTAACATACGTTTTTCATTATTTACAATAATTGATGGTGCACCCATTTCTTTTACTTTTTTTAATCTTTCATTTCtaa < 1:7970605/128‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |