Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP016816 | 437,882 | 0 | T | . | 35.4% | inf / inf | 2056 | intergenic (‑186/+236) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (683/636); new base . (353/370); total (1037/1019) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 2984 total aligned reads displayed.
GAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑ATATATATATATATATATATATATATATGCAAGCGATCAGCATAAAATGGTGAAATTTAGATCTGAGTTGGTCTTAAATTTGTAGTTTTTATTTATAGTTTATAAAGTTAATAATTTAGATTTTTAATA > CP016816/437754‑438009 | gAAACTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCTTTTTTAATAAATATTAGAAAT‑AAAATTGTATTTTTAAAATAATTATTTTAGGATATGATGCAAAGCAAATACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑at > 1:3820570/1‑128 (MQ=255) aaaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑at > 1:418806/1‑128 (MQ=255) aaaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑at > 1:6771389/1‑128 (MQ=255) aaaCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCAATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑at > 1:6957041/1‑128 (MQ=255) aCTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCTTATTCCCTATAGAGTTAATC‑‑‑‑atat > 2:3751104/1‑128 (MQ=255) cTTATTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atata > 1:7135843/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATATAGTTAATG‑‑‑‑atatatat > 2:6978118/1‑128 (MQ=255) aTTTTTGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatat > 1:3129948/1‑128 (MQ=255) tttttGTAGTTGTATGTTTCATTTTTAATAAATATTAGAAATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAATTGAAGCAAAGCAAAATCCTCCATATTACCTATTGAGTTATTG‑‑‑‑atatatata > 2:342477/1‑128 (MQ=255) tttttGTAGTTGTAAGTTTCATTTTTAATAAATATTAGATATAAAAATTGTATTTTTAAAATAAATATTTTAGGAAATGAAGCAAAGCAAAAACCTCCATATTACCTATAGAGTTAATG‑‑‑‑atatatata < 2:4240503/128‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |