| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | = 311168 | 424 (0.100) | 334 (0.080) | 124/252 | 16.7 | 44.7% | intergenic (‑91/‑223) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 |
| ? | CP016816 | 311172 = | 402 (0.090) | intergenic (‑95/‑219) | JCVSYN2_01300/JCVSYN2_01305 | hypothetical protein/30S ribosomal protein S21 | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 3624 total aligned reads displayed.
ATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCATTATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGAAAAATT > CP016816/311041‑311295 | actaatacaaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttaaacaccccttattaaaaaataaaatacttgttaaatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatata > 2:1180962‑M1/113‑128 (MQ=255) ataatcaaattgaaattaaaattgtttttaactatttaattttacacaacacttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatat > 2:7131761‑M1/112‑128 (MQ=255) taatccaaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacataccattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatata < 1:8709316‑M1/18‑1 (MQ=255) aatccaaatgaacttaaaattttaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacataagattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatatat > 1:9222456‑M1/110‑128 (MQ=255) atccaaatgaacttaaaatagtatttaacttttttttttatcacacaccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatatata > 1:8531668‑M1/109‑128 (MQ=255) tccaaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatatatat < 1:7739333‑M1/21‑1 (MQ=255) tccaaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcattatatatatatatatatatat < 1:3092490‑M1/21‑1 (MQ=255) tccaaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacagacattaattttatatatatatatataaat < 2:4982085‑M1/21‑4 (MQ=255) caaatgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATaa > 1:3500658‑M1/106‑128 (MQ=255) tgaacttaaaattgtaattaactttttcattttacacaacccttatttaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataaaatacattcattataattatatatatatatattaaaaa < 2:5693834‑M1/27‑7 (MQ=255) acttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATGCAata < 2:7412715‑M1/30‑1 (MQ=255) acttaaaattgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATGCAata < 1:5065254‑M1/30‑1 (MQ=255) tGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCATTATATATATATATATATATATATA‑AA‑GAAATATGTaaaa > 1:4094945/1‑127 (MQ=255) tgtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATTCAATATGTAAATGa < 2:2884202‑M1/39‑1 (MQ=255) tttaattttttATTTTATACAATATTTATTAAATAATAAAATAATTTTTACATAATATACAAAATATATATATAATAAATT‑A‑‑ATA‑ATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAata < 1:9594369/123‑1 (MQ=255) gtaattaactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATTCAATATGTAAATGaa < 2:6980966‑M1/40‑1 (MQ=255) gtaattaaatttttcaatttaaacacaccttattaaaaaataaaatacttgttaaataagattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGaa > 2:1066286‑M1/89‑128 (MQ=255) aattaactttatcattttaagcacacattattaaaaaaaaaaataattgttacatactattcaaaacatatataaaatacattcatTATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGaaaa > 2:4380200‑M1/87‑128 (MQ=255) aactttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATGAAATATTTATATGAAaatatt < 2:9247424‑M1/46‑2 (MQ=255) actttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAAATAAATATGTAAATGAaaatattt < 2:1731079‑M1/47‑3 (MQ=255) actttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATA‑‑‑‑ATGCAATATGTAAATGAAAATATGGtata < 1:8162391‑M1/47‑1 (MQ=255) ctttttcattttacacaccccttattaaaaaataaaatacttgttacatacgattcaaaacatatataacatacattcatTATATATATATATATATATATAATTCAATATTTATATGAAAATatgtt < 2:4763537‑M1/48‑3 (MQ=255) 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ATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGaaa > 2:6176132‑M1/1‑128 (MQ=255) ATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTAATTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTATTTTGaaa < 2:6793530‑M1/128‑1 (MQ=255) TATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATATATAATATAAAAATTATTTCCTAATAAAATCTATTTTTTTTTAAAAaagtaattataaaa < 2:9073546‑M1/128‑7 (MQ=255) TATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACAGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGaaaa > 1:389181‑M1/1‑128 (MQ=255) ATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGaaaaa > 2:3169387‑M1/1‑128 (MQ=255) ATATATAATGAAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGAAAAatt > 2:3486994‑M1/1‑128 (MQ=255) | ATCCAAATGAACTTAAAATTGTAATTAACTTTTTCATTTTACACACCCCTTATTAAAAAATAAAATACTTGTTACATACGATTCAAAACATATATAACATACATTCATTATATATATATATATATATATATATAATGCAATATGTAAATGAAAATATGGTATAATAGCAACCGTTTATAAAGTAAAAAAATAGTAAATATACTACTTATTTACTAATAAAATCTATTTTTATTTAAAAAAGTAATTTGAAAAATT > CP016816/311041‑311295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |