| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP016816 | 516,354 | A→T | intergenic (+185/+321) | JCVSYN2_02375 → / ← JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 516,354 | 0 | A | T | 99.8% | 7236.4 / ‑5.0 | 2332 | intergenic (+185/+321) | JCVSYN2_02375/JCVSYN2_02380 | antitermination protein NusG/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/4); new base T (1044/1282); total (1045/1287) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 2332 total aligned reads displayed.
AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA > CP016816/516232‑516477 | taaaAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaa < 1:4581005/128‑1 (MQ=255) taaaAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaa < 2:148748/128‑1 (MQ=255) aaaaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaac < 1:882414/127‑2 (MQ=255) aagcATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAacat < 2:1241857/125‑1 (MQ=255) aaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAtt < 2:653754/128‑1 (MQ=255) aaCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAtt < 1:1794572/128‑1 (MQ=255) aCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAttt > 2:3171148/1‑128 (MQ=255) aCATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACAttt > 2:334696/1‑128 (MQ=255) tattttatgtTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGATAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAATATTATTTAAAATTTTATATATATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAg > 1:203951/6‑128 (MQ=255) tAAAATATATTTTTAAAAAATCTGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAg < 2:2402266/128‑1 (MQ=255) tAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAg > 1:1873059/1‑128 (MQ=255) tAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAg > 1:3190235/1‑128 (MQ=255) aaTATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAt > 1:1470182/1‑128 (MQ=255) aaTATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTATAATTATAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGAAt > 1:2386602/1‑128 (MQ=255) atatatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGTAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAtt < 2:2344976/128‑1 (MQ=255) atatatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaa > 2:3977006/1‑116 (MQ=255) atatatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACA‑TTTAGTAttt > 1:2809596/1‑128 (MQ=255) tataTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGc < 2:2624572/128‑1 (MQ=255) tatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAGGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGc > 1:247551/1‑128 (MQ=255) tatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGc > 1:1692475/1‑128 (MQ=255) tatTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGc < 1:409447/128‑1 (MQ=255) tatTTTTAAAAAATATGATTTTATAAGATTAGAAAAAAATCTTATATAAAGTCCTTTTAAAAAAATAATTTAAAAATATGTTTTAATTATAAATTAAAATTATAATAAAAAAACAATTTATAATTTGc > 2:342884/1‑128 (MQ=255) ttttAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAATAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAATGATTATTTATAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTATTAAAAATACATTTTAGTATTTGAAAt > 1:3033540/1‑128 (MQ=255) ttttAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAAt < 2:2935313/128‑1 (MQ=255) ttttAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAAt < 1:3631736/128‑1 (MQ=255) aaaaTATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaa < 2:3606403/128‑1 (MQ=255) aaTATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaaaa > 2:3040335/1‑128 (MQ=255) atatGTTTTTATAAGATTATAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATaaaaaa < 1:4490461/128‑1 (MQ=255) atGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGt < 2:563787/128‑1 (MQ=255) atGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGt < 1:3537704/128‑1 (MQ=255) atGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGt < 2:1992898/128‑1 (MQ=255) atGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGt > 1:2122515/1‑128 (MQ=255) tGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAaaaaaac > 1:3106122/1‑98 (MQ=255) gTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGttt < 2:130452/128‑1 (MQ=255) gTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGttt < 2:2774521/128‑1 (MQ=255) tttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATg > 2:24701/1‑128 (MQ=255) ttATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGa > 1:2207875/1‑128 (MQ=255) tataAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGat > 1:651379/1‑128 (MQ=255) taAGATTAGAAAATAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataa < 1:4402329/128‑1 (MQ=255) taAGATTAGAAAAACAGCTTATATTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAAATTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataa < 1:1314949/128‑1 (MQ=255) taAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataa < 2:4167777/128‑1 (MQ=255) aaGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataat < 2:4049282/128‑1 (MQ=255) aaGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataat > 1:115258/1‑128 (MQ=255) aaGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataat > 2:3252093/1‑128 (MQ=255) aTTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAAtata < 2:913318/128‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTAttt < 1:3904585/98‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATAc < 2:2283567/128‑1 (MQ=255) ttAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTATTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATAc < 2:731683/128‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTAt > 2:4351016/1‑128 (MQ=255) aaaaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAAtata > 2:2533755/1‑122 (MQ=255) aaaaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTaa > 2:3121597/1‑128 (MQ=255) aaGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGataat < 2:2051261/115‑1 (MQ=255) cTTATTTTAAGGTCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAg < 2:1396057/128‑1 (MQ=255) cTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAg > 1:2646993/1‑128 (MQ=255) ttATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATATTAAAAAATTTTATGATAATATACCTATTAATATAGa > 2:1164989/1‑128 (MQ=255) tATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGaa < 1:1371701/128‑1 (MQ=255) tATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGaa > 1:1586729/1‑128 (MQ=255) aTTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTGAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAAt < 1:3461485/128‑1 (MQ=255) aTTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAAtt < 1:333500/89‑1 (MQ=255) tttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAATATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATaa < 2:477041/128‑1 (MQ=255) tttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAaaaa > 2:352534/1‑128 (MQ=255) tttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATAACTATTAATATAGAATaa > 2:1898066/1‑128 (MQ=255) ttAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATaaa > 1:4183656/1‑128 (MQ=255) aGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAaacaa > 1:3393782/1‑128 (MQ=255) gggCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAaacaac < 2:4563278/128‑1 (MQ=255) ttttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGa > 1:4256269/1‑128 (MQ=255) tttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaa > 1:3737043/1‑128 (MQ=255) tttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaa < 2:3672548/128‑1 (MQ=255) tttttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaa > 1:1221255/1‑128 (MQ=255) tttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaaa < 1:4328297/128‑1 (MQ=255) tttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaaa < 2:831600/128‑1 (MQ=255) attAAAGATTATTTAAAATATTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaaa < 1:1963596/127‑1 (MQ=255) ttAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGaaaa > 1:576109/1‑127 (MQ=255) tAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAaga < 1:483671/128‑1 (MQ=255) tAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAaga < 1:2971275/128‑1 (MQ=255) attTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAAtatt > 2:157221/1‑128 (MQ=255) attTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAAtatt > 1:3818302/1‑128 (MQ=255) ttAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAAtattat < 2:1063905/128‑1 (MQ=255) ttAAAATTTAGTTTTTATATTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAAtattat < 1:1086570/128‑1 (MQ=255) aaTTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGt < 1:2286444/128‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATTCCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTAt < 1:1000225/128‑1 (MQ=255) ttttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTAt < 2:2708483/128‑1 (MQ=255) tttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATg < 2:3749132/128‑1 (MQ=255) ttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGa > 1:2729513/1‑128 (MQ=255) ttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGa > 1:977256/1‑128 (MQ=255) ttGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGa > 1:3989723/1‑128 (MQ=255) tttatatttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAg < 2:2219890/128‑1 (MQ=255) ttttatttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGc < 2:441849/128‑1 (MQ=255) ttatttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGa > 1:2566776/1‑128 (MQ=255) tatttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaa > 2:4500968/1‑128 (MQ=255) atttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaat < 1:704581/128‑1 (MQ=255) atttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaat > 1:2892256/1‑128 (MQ=255) ttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatta < 2:386256/128‑1 (MQ=255) ttttaATTAAAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGaatta < 2:2133168/128‑1 (MQ=255) attaaAATTTAAATAAAAAAACATATTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAAtttt < 1:788639/128‑1 (MQ=255) taaAATTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTa < 1:327169/128‑1 (MQ=255) aaaTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGATTAATCAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGATTTTATTTTTaaa > 2:4271321/1‑128 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAat > 2:1705672/1‑128 (MQ=255) aTTTTAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTATTAAAat < 2:1811722/128‑1 (MQ=255) ttAATAAAAAAACATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACAAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAattta > 2:2857916/1‑128 (MQ=255) | AATAAAAACATAAAATATATTTTTAAAAAATATGTTTTTATAAGATTAGAAAAAAAGCTTATTTTAAGGGCTTTTTTAAAGATTATTTAAAATTTTGTTTTTATTTTTAATTAAAATTTTAAAAGAAAAATATTTTAGTATTTGCAATTATAAAAAAGTTTATGATAATATACCTATTAATATAGAATAAACAACTAGAAAAGAGAAATATTATTAGTATGATAGCGAATTAATTTTTAAAATTTA > CP016816/516232‑516477 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |