Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP016816 | 202,485 | 0 | T | . | 74.1% | 224.8 / 284.1 | 218 | intergenic (+263/‑412) | JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845 | hypothetical protein/lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (10/38); new base . (61/76); total (85/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-03 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.94e-01 |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
AGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTA‑TCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATA > CP016816/202359‑202604 | tttAGTGTAAATAATAGAGTTAATGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTATTATAATTTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTA‑TCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCtta < 1:230826/127‑2 (MQ=255) gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATCCCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGATTA‑TCTTCACAAATATAAAAAAAAAAATCACCtat > 2:2429263/1‑126 (MQ=255) gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTA‑TCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATACCAtta > 2:606503/1‑127 (MQ=255) gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTA‑TCATCACAAATAAATAAAAAACAAAACCCttt > 2:2258780/1‑128 (MQ=255) 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AGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTA‑TCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATA > CP016816/202359‑202604 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |