Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*CP016816202,4770CA43.3% 250.2 / 106.4 286intergenic (+255/‑420)JCVSYN2_00840/JCVSYN2_00845hypothetical protein/lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (100/61);  new base A (36/87);  total (136/150)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.23e-08
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 332 total aligned reads displayed.

AAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATA  >  CP016816/202350‑202604
                                                                                                                               |                                                                                                                               
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     gtGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTATTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAAAcc                                                                                                                            >  1:2082020/1‑128 (MQ=255)
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      tGAAGTTAGTGTAAATAATAGATTTAAGTTTAATTAAAATACCATAATCTAAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATccc                                                                                                                           <  1:1401/128‑1 (MQ=255)
      tGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATTTATATACTCTTTATCTATTATATTAATTTATTATATTAACAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                           >  2:1542801/1‑124 (MQ=255)
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          gTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCTTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAAAAATcaaatta                                                                                                                       >  1:2000004/1‑122 (MQ=255)
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           ttAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAAATTAATAATAATTATAATATATATCCACGTTATCAATTTATTTATATAATTATCTTaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacacaaaa                                                                                                                      >  2:489263/1‑119 (MQ=255)
             aGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACAATAAACTTAATAATTCTTATAATTTATATACTAATAATCTATTTTTTTATATATATATATTAAAAAATAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa                                                                                                                    >  2:1452898/1‑117 (MQ=255)
              gtgtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCAttaaaaa                                                                                                                   >  2:2376646/1‑123 (MQ=255)
               tgtAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCACttaaaaat                                                                                                                  >  1:1953381/1‑122 (MQ=255)
                  aaaTAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATcccataaaaaattaa                                                                                                               >  1:2044010/1‑116 (MQ=255)
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                                                                                                      tttATATTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAACCATT‑‑‑AAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTg                       <  2:1258958/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                      taaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaATACCC‑‑TTAAAAAAT‑AAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATAtt                        <  1:604730/117‑1 (MQ=255)
                                                                                                        taaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaATACCATTT‑‑‑AAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGa                      <  1:1827791/119‑1 (MQ=255)
                                                                                                         ttaattaaaaaaaaaaaaaaaaaaATACC‑‑ATTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGa                      <  1:1217202/120‑1 (MQ=255)
                                                                                                         aTCTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAATTACC‑‑TAAAAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAATACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGa                      <  1:1855217/128‑1 (MQ=255)
                                                                                                           tattaaaaaTAAAAAAAAAAAAATTCAAATT‑‑AAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACa                    <  1:2090812/122‑1 (MQ=255)
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                                                                                                             taacaAAAAAAAAAAAAACAAACCCCTAAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACa                    <  1:1686645/126‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                aaaaaaaaaaaaaaaaaATACCC‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACataat                <  1:1514983/127‑1 (MQ=255)
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                                                                                                                         aaaaaaCAATCCCC‑‑TTAAAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAACCAACAGGTATTTGTAAAAATTCCAGTGTATACCGCATTTTTTTTTTTATATAAGATTTTGTATTAatatatattaaa      >  1:288791/1‑124 (MQ=255)
                                                                                                                               |                                                                                                                               
AAGTAGTGAAGTTAGTGTAAATAATAGAGTTAAGGTTAATTAAAATACCATAAACTTAATAATTCTTATAATGTAGATCCTCGTGATCTATTTTTTTATTTGTTTATCTTCACAAATAAAAAAAAAACAATCCCCTTTTAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAACAAACTCTATTTCTTAAAATTCCCTATTATACCACATTTTATTTTTAAAATAAGATATTGACATAATATATATCTAATATA  >  CP016816/202350‑202604

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑