BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
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RA	CP016816	245,230	C→T	A1620V (GCT→GTT)	JCVSYN2_01035 →	ABC transporter permease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP016816	245,230	0	C	T	99.5%	4786.3 / NA	1523	A1620V (GCT→GTT)	JCVSYN2_01035	ABC transporter permease
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (772/741); minor base A (3/4); total (777/746)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.21e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 1524 total aligned reads displayed.

ATTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGA  >  CP016816/245105‑245354

aTTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTa                                                                                                                            <  1:107641/128‑1 (MQ=255)

  tttATATTTTAAATGGTCATGGATCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTAtt                                                                                                                          <  2:317302/128‑1 (MQ=255)

    tataTTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        >  1:135215/1‑128 (MQ=255)

    tataTTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        >  2:66172/1‑128 (MQ=255)

    tataTTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        >  2:2908998/1‑128 (MQ=255)

    tataATTTATCTGGTCATGGAGCTTCATCAGCTTCTTGTGATGATGATATGATTAGTAATAATAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTc                                                                                                                        <  2:1726753/128‑1 (MQ=255)

     atatTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCt                                                                                                                       <  2:199810/128‑1 (MQ=255)

     atatTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCt                                                                                                                       <  2:26029/128‑1 (MQ=255)

       atTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTAt                                                                                                                     <  1:655541/128‑1 (MQ=255)

        ttttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATTAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTAtt                                                                                                                    <  2:2334689/128‑1 (MQ=255)

          ttAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTgg                                                                                                                  <  1:119774/128‑1 (MQ=255)

          ttAAAGGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGCAGATGATGATATGAATAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATAAAACAAATTACTTTTAAAGTTATATCAATTgg                                                                                                                  >  1:578446/1‑128 (MQ=255)

           tAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATAAGCTACAACAAACCCTATACTTAAACTCATTACTATAATACTTAAGTCTATTgtc                                                                                                                 >  1:2315442/1‑126 (MQ=255)

             aaTGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAAt                                                                                                               <  2:2244536/128‑1 (MQ=255)

             aaTGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAAt                                                                                                               >  1:84028/1‑128 (MQ=255)

                   cATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGttaat                                                                                                         <  1:34616/128‑3 (MQ=255)

                    aTGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGttatta                                                                                                        <  1:2903501/128‑1 (MQ=255)

                    aTGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGttatta                                                                                                        <  1:419610/128‑1 (MQ=255)

                    aTGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGttatta                                                                                                        <  2:859166/128‑1 (MQ=255)

                     tGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaa                                                                                                       >  2:772150/1‑128 (MQ=255)

                     tGGAGCTTCATCTGCTTCTGGAGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaa                                                                                                       <  2:3003979/128‑1 (MQ=255)

                      ggAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaat                                                                                                      >  1:25526/1‑128 (MQ=255)

                        aGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAATATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaataa                                                                                                    <  1:183514/128‑1 (MQ=255)

                         gCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTaataat                                                                                                   >  1:682242/1‑128 (MQ=255)

                          cTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAAtt                                                                                                  <  1:747033/128‑1 (MQ=255)

                            tCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCATAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTAc                                                                                                >  2:947470/1‑128 (MQ=255)

                             cATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACa                                                                                               >  2:1597693/1‑128 (MQ=255)

                              aTCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAg                                                                                              <  2:2869784/128‑1 (MQ=255)

                               tCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGt                                                                                             <  2:1482274/128‑1 (MQ=255)

                                cTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTa                                                                                            >  2:576610/1‑128 (MQ=255)

                                cTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTa                                                                                            <  2:1686535/128‑1 (MQ=255)

                                  gCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAat                                                                                          <  1:2775757/128‑1 (MQ=255)

                                    ttCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATAACTTTTATAGTGATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAatta                                                                                        >  1:1529239/1‑128 (MQ=255)

                                     tCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATtaata                                                                                                     <  1:933323/114‑1 (MQ=255)

                                       tGGTGAAGATGATATGTTTAGAAATATTATAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAAttatta                                                                                     <  1:211815/128‑1 (MQ=255)

                                        ggTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTAc                                                                                    >  2:1917068/1‑128 (MQ=255)

                                          tgatgatgaTATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACtt                                                                                  <  2:32591/128‑1 (MQ=255)

                                              gatgatATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGc                                                                              <  1:24796/128‑1 (MQ=255)

                                                tgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCtt                                                                            >  1:1792126/1‑128 (MQ=255)

                                                tgatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCtt                                                                            >  2:2789993/1‑128 (MQ=255)

                                                 gatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTCCTTCAGCttt                                                                           >  1:2963865/1‑128 (MQ=255)

                                                 gatatgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCttt                                                                           <  2:1152850/128‑1 (MQ=255)

                                                    atgatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACt                                                                        <  2:2055206/128‑1 (MQ=255)

                                                      gatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      <  2:2675170/128‑1 (MQ=255)

                                                      gatTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAg                                                                      >  1:2671152/1‑128 (MQ=255)

                                                        ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTa                                                                    <  2:2441224/128‑1 (MQ=255)

                                                        ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTa                                                                    <  1:3026794/128‑1 (MQ=255)

                                                        ttAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGATACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTa                                                                    >  1:2879911/1‑128 (MQ=255)

                                                          aGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAAt                                                                  >  1:281711/1‑128 (MQ=255)

                                                            tAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTATTAATGt                                                                >  1:1682962/1‑128 (MQ=255)

                                                             aaTATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGtt                                                               <  2:2731959/128‑1 (MQ=255)

                                                             aaTATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGtt                                                               >  2:33227/1‑128 (MQ=255)

                                                               tatTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTCCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTaa                                                             >  2:1277413/1‑128 (MQ=255)

                                                                atTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAAt                                                            >  2:699345/1‑128 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTATCTACATCAAATACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         <  2:2479754/128‑1 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         <  2:1003723/128‑1 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         >  2:2160657/1‑128 (MQ=255)

                                                                   aaaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTc                                                         <  1:3309031/128‑1 (MQ=255)

                                                                    aaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCa                                                        >  2:527191/1‑128 (MQ=255)

                                                                    aaaaTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCa                                                        <  1:469256/128‑1 (MQ=255)

                                                                       aTCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGat                                                     >  2:1790324/1‑128 (MQ=255)

                                                                        tCAAAACTTATTCGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGata                                                    <  1:1887690/128‑1 (MQ=255)

                                                                          aaaaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAtt                                                  >  2:153098/1‑128 (MQ=255)

                                                                          aaaaCTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATAtt                                                  >  2:823012/1‑128 (MQ=255)

                                                                               ttattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGt                                             <  2:25526/128‑1 (MQ=255)

                                                                                tattaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTa                                            <  2:1065001/128‑1 (MQ=255)

                                                                                 attaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTaa                                           >  2:3055525/1‑128 (MQ=255)

                                                                                 attaGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTaa                                           >  1:274198/1‑128 (MQ=255)

                                                                                     gCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCa                                       <  2:229999/128‑1 (MQ=255)

                                                                                     gCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCa                                       <  1:81376/128‑1 (MQ=255)

                                                                                      cTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                      <  2:2389931/128‑1 (MQ=255)

                                                                                      cTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAg                                      <  1:1266259/128‑1 (MQ=255)

                                                                                       tACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTATTGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGt                                     >  1:224018/1‑128 (MQ=255)

                                                                                         cATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTAt                                   >  2:1340335/1‑128 (MQ=255)

                                                                                           tCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCa                                 <  1:1431141/128‑1 (MQ=255)

                                                                                            cAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTTATTATTACTTCAGCTTTACTAGTTATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCaa                                <  2:3102495/128‑1 (MQ=255)

                                                                                             aaaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAAc                               >  1:1629050/1‑128 (MQ=255)

                                                                                              ataaCTTTAATTAATCTAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTTCAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACa                              <  1:2626867/126‑1 (MQ=255)

                                                                                              aaaaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACa                              <  1:1995661/128‑1 (MQ=255)

                                                                                               taaCTTTAATTCATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAg                             <  1:1485940/127‑1 (MQ=255)

                                                                                                aaCTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCa                                 <  1:3155060/123‑1 (MQ=255)

                                                                                                  cTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGttt                          <  1:2064879/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                   tttAATTAATCAAATTACTTTTATATTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTa                         <  1:2358101/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                         ttatCAAATTACTTTTATTTTAATTTCTATTGGAATGTTATTAATTATTACTGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                   <  1:1737805/126‑1 (MQ=255)

                                                                                                         taatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                   <  1:1003395/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                         taatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAttt                   >  2:165199/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  <  2:375527/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  >  1:2427915/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                          aatCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGAtttt                  >  1:3101890/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                           atCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTa                 >  1:1147892/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                            tCAAATTACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTaa                <  2:1231759/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                              aatttACTTTAATAGTTAATTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCGTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATg              <  1:3250460/125‑1 (MQ=255)

                                                                                                                 ttACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGaaa           >  2:1391054/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                 ttACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGaaa           >  1:525939/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                  tACTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAg          >  2:442599/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                   aCTTTTATAGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGc         <  2:1860671/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                        tataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAg    <  2:110692/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACATTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAAAAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   <  2:2120914/128‑1 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAACTCTTTAgg   >  1:1948271/1‑128 (MQ=255)

                                                                                                                         ataGTTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAgg   <  1:2160657/128‑1 (MQ=255)

ATTTTATATTTTAAATGGTCATGGAGCTTCATCTGCTTCTGGTGATGATGATATGATTAGTAATATTAAAAATCAAAACTTATTAGCTACATCAAAAACTTTAATTAATCAAATTACTTTTATAGCTATTTCTATTGGAATGTTATTAATAATTACAGTAATTATTACTTCAGCTTTACTAGTAATGTTAATTTCAGATATTTATGTAACTCAGTATCAACAGTTTATGATTTTAATGAAAGCTTTAGGA  >  CP016816/245105‑245354

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`