| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP016816 | 437881 = | 484 (0.310) | 375 (0.290) | 82/212 | 19.3 | 50.3% | intergenic (‑185/+237) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease |
| ? | CP016816 | = 437888 | 334 (0.260) | intergenic (‑192/+230) | JCVSYN2_01985/JCVSYN2_01990 | glycosyl transferase/ABC transporter permease | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 638 total aligned reads displayed.
AAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGCATATATATATATATATATATATATATAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP016816/438027‑437881‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atatatatatatatatatatATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTTTTTGCTTTGCTTCATTTCCTAAAATATTTATTTTAAAAATACAATTTTTATTTCTAATATTTATTAAAAATGAAACTTACAACTACAAAAA < CP016816/437888‑437762 AAATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCTGATCTAAATTTCTCCATTTTATGCTGATCGCTTGCATATATATA > 2:1436880/1‑128 AATATTAAGTTTTAAAATATTAAAAATCTAAATTATTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGCATATATATAT > 1:2970615/1‑128 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TTATTATCTTTATAAACTATAAATAAAAAATAAAAATTTAAGACCAACTCTGATCTAAATTTCACAATTTTATGATGATCGCTTGCATATATATATATATATATATATATATATATATcattaactct < 1:507011/128‑11 TATTAAATATATAAACTATAAAAAAAAACTAAAAATTTTAGACCAACTCAGATCTATATTTCACAATTTTATGCTGATCGCTTTC‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATATCATTAACTC < 1:1004630/128‑1 TTAACTTTATAAACTATAAATAAAAACTACAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACCATTTTATGCTGATCGCTTGC‑‑ATATATATATATATATATATATATATATATATATCATTATCTCTA > 1:858715/1‑128 TATAAACTATATATAAAAACTACAAATTTAAGAAAAAATCAGATATAAATTTCACCATTTTATTCTGATAGCTTGCATATATATATATATATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGT < 2:1234600/128‑1 TATAAAATATATATAAAAACTAAAAATTTAAGACAAACTCAGATATATATTTCAACATTTTATGCTGATCGCTTGC‑T‑TATATATATATATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAA < 2:1698177/128‑1 ATAAATAAAAACTATAAATTTAAGACCAACTCAGATCTAAATTTCACAATTTTATGCTGATCGCGTG‑‑‑‑GATATATATATATATATATATATATATATATATCATTAACTCTATAGGTAATATGGAGGTT < 1:1167846/128‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |