| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP016816 | 20,023 | 2 bp→TA | intergenic (‑744/‑392) | JCVSYN2_00065 ← / → JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP016816 | 20,023 | 0 | A | T | 99.7% | 4132.1 / NA | 1417 | intergenic (‑744/‑393) | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/3); new base T (755/657); total (756/661) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP016816 | 20,024 | 0 | T | A | 99.8% | 4271.2 / NA | 1417 | intergenic (‑745/‑392) | JCVSYN2_00065/JCVSYN2_00070 | hypothetical protein/tetracycline resistance ribosomal protection protein Tet(M) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base A (754/660); total (756/661) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1450 total aligned reads displayed.
AGAGCAGGAAGAGCAAGATAAAAGGTAGTATTTGTTGGCGATCCCCCTAGAGTCTTTTACATCTTCGGAAAACAAAAACTATTTTTTCTTTAATTTCTTTTTTTACTTTCTATTTTTAATTTATAATTTTATATTAAAAAATTTAAATTATAATTATTTTTATAGCACGTGATAATTAAAAGTTAGTGAACAAGAAAACAGTGAAGCACCAGTTTCTGAACCAAAAGAAGACGAAAAAACAAAAAAAG > CP016816/19898‑20145 || gCAGGAAGAGCAAGATAAAAGGTAGTATTTGTTGGCGATCCCCCTAGAGTCTTTTACATCTTCGGAAAACAAAAACTATTTTTTCTTTAATTTCTTTTTTTACTTTCTATTTTTAATTTATATATTta > 2:2182178/1‑128 (MQ=255) gCAGGAAGAGCAAGATAAAAGGTAGTATTTGTTGGCGATCACCCTAGAGTCTTTTACATCTTCGGAAAACAAAAACTATTTTTTCTTTAATTTCTTTTTTTACTTTCTATTTTTAATTTATATATTta > 2:2398492/1‑128 (MQ=255) ggAAGAGCAAGATAAAAGGTAGTATTTGTTGGCGATCCCCCTAGAGTCTTTTACATCTTCGGAAAACAAAAACTTTTTTTTCTTTAATTTCTTTTTTTACGTTCTATTTTTAatttatatatttatat > 2:593786/1‑128 (MQ=255) aaGAGCAAGATAAAAGGTAGTATTTGTTGGCGATCCCCCTAGAGTCTTTTACATCTTCGGAAAACAAAAACTATTTTTTCTTTAATTTCTTTATTTACTTTCTATTTTTAATTTATATATTTATATTa > 2:2035420/1‑128 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |