New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 2987087 = | 134 (1.790) | 4 (0.050) | 4/598 | 9.2 | 2.9% | intergenic (+11/‑449) | yqeG/yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_000913 | 2987122 = | 136 (1.820) | intergenic (+46/‑414) | yqeG/yqeH | putative transporter/putative LuxR family transcriptional regulator | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GTCGTGCATTTAACCGCGCACTATCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAGATTCGCAAGATATCTTCTGGTCATTCAAAAACAATTTGCGATATAGATATTCTTATACCATGAGATAGTTATCTGGACCGCTCTCAACCATGCAAGATTAAATCAGTGAAACATAATCATATTTGATAACGAGAAATGCATTTTTAAATGCCTTACTCAGAATTATA > NC_000913/2986829‑2987421 | gTCGTGCATTTAACCGCGCACTATCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCAtttttt > 1:419441/1‑300 (MQ=255) tCGTGCATTTAACCGCGCACTATCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTc < 1:85216/300‑1 (MQ=255) tCGTGCATTTAACCGCGCAATATCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTTTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCa < 1:210497/301‑1 (MQ=255) cATTTAACCGCGCACTATCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCataatt > 2:203833/1‑300 (MQ=255) aTTTAACCGCGCACTATCAATTATGTTGGTATCGCTGTTTACCTTCATTGTTTGTTGCATTACCCCGAACGCGATTTCGATGATCTACGCGATCATCGGCCCGCTCATTGCCATGTTACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTCTCTCCTCCCGGCGCTTAAACCCTTGCGTTCCATCGGATATCTGATTACGCTGTTCGTTGGTATCCTGTGCTTTTCGGTAATGTTCTTTAGCTAAGATCAGTTGTTGCTGCTTCAATATTGCTACAATTTTGAACCATTACATTTTTCatatttt > 1:154302/1‑297 (MQ=255) ccgcACTATCAATTAAGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCAATAGCCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGGTCAGCAGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCCACGGATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGt < 1:112244/300‑1 (MQ=255) tctttccctacacgacgctcttccgatctcTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGttatta < 1:82189/272‑1 (MQ=255) tCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTc < 2:366267/301‑1 (MQ=255) cAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTc > 1:657166/1‑300 (MQ=255) tatctttttGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTACACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCa < 2:408974/294‑1 (MQ=255) aaTTATGTTGGTATCGCTTATTACCTTCATTGGTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCTATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCa < 1:531799/301‑1 (MQ=255) tATGTTTGTATCCCTGATTACCTTCAATGTTTGTTGCATTCACGCGAACGCGAGTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCACTCATTGCCAGGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCGTCCCTGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTTTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCAccc < 1:54932/301‑1 (MQ=255) ccTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCagat > 1:95303/1‑301 (MQ=255) cTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGttattaagatcggaagagcacacgtctgaactcca > 2:82189/1‑272 (MQ=255) gCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATTCCGGCGCTTAAACCTTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGGTCAAAATTGCTAAAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TAagt > 1:411426/1‑301 (MQ=255) aTTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTATTTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTTTTA‑TCtgtta > 1:685396/1‑301 (MQ=255) tAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCagttagt < 2:106903/301‑1 (MQ=255) tctccGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCagttagtt < 2:171960/298‑1 (MQ=255) aaCCCGAACGCGCTTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACACTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCagttagtt > 2:55857/1‑301 (MQ=255) aaCCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTTGGTATCCTGTGCGTTTCGTTAATGTTCTTTTGCTAATATCAGTTGTGGATGTTTCAAAATTGCTACAATTTTGTACCATTCCATTTTTCATTATATTCCTTTTTTATTATTCCACCCTATCACTTCTTTCGTCATATCCTAGTCTTA‑TCatttagtt > 2:22/1‑301 (MQ=255) cgcgATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTATAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCTAAATTGCTAAAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTTATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAacacaa > 1:444421/1‑300 (MQ=255) tttCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAaga < 1:525743/301‑1 (MQ=255) 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tACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACAt > 1:325921/1‑301 (MQ=255) cgcgATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTTAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTCCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCAGatcggaa > 1:131179/1‑295 (MQ=255) tCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCTTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTC‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAAt > 1:116796/1‑301 (MQ=255) 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aTACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTATATAAGACTATTTAAGATGCATaa > 2:475720/1‑299 (MQ=255) tACTTTTCAGCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTA‑TTAAGATGCATAACTTa < 2:498379/301‑1 (MQ=255) aCTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTa < 2:660379/301‑1 (MQ=255) atcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGGTGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAGATTCg > 1:397327/1‑300 (MQ=255) cgatcTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAGATTCGCAAg < 1:103088/297‑1 (MQ=255) ccTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCACATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAGATTCGCAAGata < 1:348840/301‑1 (MQ=255) 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GTCGTGCATTTAACCGCGCACTATCAATTATGTTGGTATCGCTGATTACCTTCATTGTTTGTTGCATTAACCCGAACGCGATTTCGATGATTTACGCGATCAGCGGCCCGCTCATTGCCATGATACTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTA‑TCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTTAGATTCGCAAGATATCTTCTGGTCATTCAAAAACAATTTGCGATATAGATATTCTTATACCATGAGATAGTTATCTGGACCGCTCTCAACCATGCAAGATTAAATCAGTGAAACATAATCATATTTGATAACGAGAAATGCATTTTTAAATGCCTTACTCAGAATTATA > NC_000913/2986829‑2987421 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |