Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,906,830 | 0 | G | A | 7.7% | 192.7 / 4.7 | 65 | intergenic (‑263/+23) | bglG/phoU | transcriptional antiterminator of the bgl operon/negative regulator of PhoR/PhoB two‑component regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (36/23); new base A (3/2); total (39/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 |
AGAATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAAAACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTAATTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATAAAGTTATATATAACAAATCCCAATAATTAAGTTATTGGGATTTGTCTGGTGAATTATTTGTCGCTATCTTTCCCCGCCAGCAGTTTATCCAGCTCATCGCCACCGACGTGACGGAAATCCTGCCCCTTCACGTAGTAGAAGATAAACTCACAAATATTCTGGCAGCGGTCGCCAATACGTTCGATAGAACGCGCGCAGAACAGCGCAGTAAGTACGCTCGGAATGGTACGCGAATCTTCCATCATGTAGGTCATCAGTTGACGAACAATACCTTCGTATTCCTGATCGACTTTTTTATCTTCACGATAAATACGTACCGCTTCGTCAA > NC_000913/3906542‑3907127 | agaATTTTGGTGATTTGCATGTTCATAGCAAGGACCTTTTTTATAAACAAAAACACCCGACTTCACCAGTATTCTCTGGTTATGTCAGGTTTTGCCTGCGAATGCAGTAACAATCCAGTCATTTATTAATGGTTTTTATAACGAACATCCAGGTTCGGAAATTACTTTAATTGCGTGCAGAGAAAATAGCAATGCGCTATTGATAAAAATATGACCATGCTCGCAGTTATTAACTTTGTGTAATTTTAGGAATTTATCAAGTTATATATAAAAAATCCAAATAATTAAGTTATTGGGAttt > 1:450225/1‑301 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |